进入秋季，有机食用菌生产中的虫害仍是一大威胁，尤其进入深秋季节，温差的拉大，使得原在菇棚外的害虫纷纷进棚为害，更加剧了防治的难度。
预防措施：1.修建菇棚应离开村庄、厩厕、垃圾场、粪堆等地，使出菇环境远离虫源。2.原辅材料经强日光暴晒，避免携带虫卵或活虫。3.原料中有活虫或虫卵，不要直接进行生料播种，起码要发酵处理后再用，最好采取熟料栽培或用于制种。4.严格检查菌种是否带虫，对购进的菌种在转接前应仔细检查，防止出现带虫接种现象。5.菇棚通风口及进出口等封装防虫网，防治成虫飞入。6.在通风口及进出口撒布石灰隔离带，以防爬虫类害虫进入。
发菌期间，不慎发生虫害，可将地面洒水，菌袋集中（注意温度，以防烧菌）排放后上覆塑料膜，膜下投放磷化铝药物，用量同上，但要注意投放均匀、密闭塑料膜，6小时左右去除膜后，即可正常管理。
出菇期间发现害虫，如果是预防不严进入的“漏网之虫”，对成虫可适量喷洒菊酯类药物，菇蚊类成虫极不耐药，按蔬菜用量的最低浓度即可；如已发现幼虫，则可根据上述使用磷化铝进行杀灭，但应将子实体采掉，对于幼蕾，可带蕾用药，一般初发虫害，4~6小时即可全部杀灭。
