1、胡桃肉状菌，是蘑菇覆土上长的杂菌，培养料发酸、发黑、发粘、不长菇，具有较浓漂白粉味道。主要是由于菇房和培养料不透气，而后遇高温、高湿而爆发，或是培养料堆制过熟、粪肥过多、含N偏高。防治胡桃肉状菌的方法主要应加强菇房通风透气，对覆土材料严格消毒，培养料堆制采用二次发酵。
2、蘑菇粉孢霉，发生在蘑菇栽培中、后期覆土层中，初期菌丝短而细，菌丝旺盛，似棉絮状，后期菌丝萎缩，呈灰白色，最后产生橘红色的菌丝，致使出菇稀少或不出菇。防治方法可采用0.1％甲基托布津喷洒，往返三遍，5天后可再用800倍多菌灵液再喷一次。
3、石膏霉(白色石膏霉和褐色石膏霉)，感染石膏霉后，培养料发黑，产生恶臭，菌丝受抑制，一旦发生会使蘑菇产生绝收。主要原因是在建堆时加入了过多的石膏或石灰，发酵不良引起，可采用过磷酸钙溶液喷酒，降低PH值，也可用500倍多菌灵或1:7醋酸或5％石炭酸溶液喷雾，控制其发展，不影响出菇。
4、鬼伞：培养料不新鲜，高温、高湿、培养料中存有游离氨、粪肥未转化，鬼伞便会大量发生。防治：培养料使用前在烈热下爆晒1-2天，用l％—2％的石灰水浸泡，同时增加接种量，鬼伞发生时应及时摘除鬼伞，并可采用明矾水中和培养料中的氨。
