食用菌在生长发育过程中会遭受各种病菌的侵袭，引起减产甚至绝产。据统计，在食用菌新产区，由于病菌的危害．可造成10％～18％的产量损失，而在一些老产区，则高达50％～5％．严重的甚至造成绝产。所以，如何防治食用菌的各种病害，是保证食用菌栽培高产稳产的一项很重要的技术。
一、消灭栽培场地的茵源。
在栽培食用菌前，必须对栽培场地和周围环境进行彻底的灭菌消毒。在新产区，一般可用浓度为5％的石灰水和800倍的杀菌剂喷洒，也可用硫磺熏蒸。消毒时，尤其应注意墙角、棚边等死角。在老产区，由于多年生产，栽培场所内的病原菌较多，一定要彻底灭菌。若条件许可，可以更换栽培场所，以减少病原菌的数量。
二、减少原料中的杂菌。
生产上，首先要选择新鲜、无霉变的各种栽培原料。其次，在用料时，要将各种栽培原料在阳光下暴晒2～3天。栽培平菇、鸡腿菇等食用菌时，可采用短期发酵法消灭原料中的杂菌。具体做法是，将栽培料预湿后充分拌匀，接着堆成堆。料堆高1米、底宽1．5米。待料温达到60℃时，保持10小时，然后进行翻堆。翻堆后，当温度再达到60℃时，保持10小时即可。
三、剔除污染的菌种。
播种时，首先选择优良菌种。对优良菌种除要求高产、优质、抗逆性强外，还要纯度高、无病虫感染且菌龄适宜。其次，播种工具要清洁，脸盆、铲勺、手套、铁锨等都要用石灰水或杀菌剂清洗消毒。再次，在栽培袋制作过程中，要选用优质低压聚乙烯塑料筒。填料要严实，封口要严密，料筒排放应有少量间隔。
