食用菌在栽培过程中对环境因子的变化较为敏感，常因不良的物理、化学因素刺激出现各种异常症状，导致产量和品质的降低。
一、菌丝徒长：环境条件有利于菌丝生长而不能满足生殖生长要求时，菌丝体迟迟不结子实体，浓密的菌丝成团结块，出菇迟或不出菇，严重影响产量。
1、菌丝徒长的原因：
⑴ 在母种分离过程中，气生菌丝挑的过多，并接种在含水量过高的原种或栽培种瓶内，菌丝生长过浓密。用这种菌丝栽培时，易发生菌丝徒长现象。
⑵ 管理不当。菇房通风少，培养料表面湿度大，不适于子实体的形成。
⑶ 菌丝愈后阶段，当表面菌丝已发白并有黄色水珠产生时如不及时换气降温，料面上会形成白色浓厚的菌被。
蘑食用菌生产过程中的主要杂菌及防治。
1、胡桃肉状菌：是蘑菇覆土上长的杂菌，培养料发酸、发黑、1发粘、不长菇，具有较浓漂白粉味道。主要是由于菇房和培养料不透气，而后遇高温、高湿而爆发，或是培养料堆制过熟、粪肥过多、含N偏高。防治胡桃肉状菌的方法主要应加强菇房通风透气，对覆土材料严格消毒，培养料堆制采用二次发酵。
2、蘑菇粉孢霉：发生在蘑菇栽培中、后期覆土层中，初期菌丝短而细，菌丝旺盛，似棉絮状，后期菌丝萎缩，呈灰白色，最后产生橘红色的菌丝，致使出菇稀少或不出菇。防治方法可采用0.1％甲基托布津喷洒，往返三遍，5天后可再用800倍多菌灵液再喷一次。
3、石膏霉(白色石膏霉和褐色石膏霉)：感染石膏霉后，培养料发黑，产生恶臭，菌丝受抑制，一旦发生会使蘑菇产生绝收。主要原因是在建堆时加入了过多的石膏或石灰，发酵不良引起，可采用过磷酸钙溶液喷酒，降低PH值，也可用500倍多菌灵或1:7醋酸或5％石炭酸溶液喷雾，控制其发展，不影响出菇。
4、鬼伞：培养料不新鲜，高温、高湿、培养料中存有游离氨、粪肥未转化，鬼伞便会大量发生。防治：培养料使用前在烈热下爆晒1-2天，用l％-2％的石灰水浸泡，同时增加接种量，鬼伞发生时应及时摘除鬼伞，并可采用明矾水中和培养料中的氨。
2、防治方法
⑴ 移接母种时，挑选半基内半气生菌丝混合接种。
⑵ 加强菇房通风换气，降低CO2浓度及空气湿度。
⑶ 降低培养湿度及料面湿度，以抑制菌丝生长，促进子实体形成。
⑷ 若菇床已形成菌被，应及时用刀破坏徒长菌丝，喷重水加大通风量。
二、畸形菇
在子实体形成期遇不良环境条件，子实体易出现盖小柄长、菌盖锯缺、子实体不开伞等畸形，导致质量降低。
1、造成子实体畸形的原因
⑴ 菇房内光线不足或CO2浓度过高，会造成食用菌盖小、柄长。
⑵ 土粒过大，土质过硬、出菇部位过低、机械损伤等，易造成畸形菇产生。
⑶ 出菇期由于药害或物理化学诱变剂的作用，导致菌褶退化，菌盖锯缺等。
2、防治方法
⑴ 合理安排栽种时期，避开高温季节下出菇。
⑵ 调节适宜温度，适量喷水，以免出菇过密。
⑶ 慎用农药，注意农药种类、次数、时间和用药量，以防杀药菇蕾。
