链孢霉菌丝一般在25℃～36℃生长最快，24℃以下生长缓慢，并且不受相对湿度的影响，所以在夏秋季容易发生。菌丝pH值偏酸性，可以在偏酸性的培养基上生长、扩散。但是链孢霉在2～3天就可长满培养料表面，与食用菌的菌丝争夺营养、水分及空间，常引起整批培养料的污染和报废。因此要用针对性的药剂就是尽早防治。
发现病菌时抓紧在专门的密闭空间解开袋口把感染的部分倒出来深埋或烧毁。剩余的原料倒出来在太阳下暴晒10天左右后收集起来，在下次拌料时兑入新料后使用。同时搞好环境卫生。接种室、发菌室、出菇棚内外要及时开展消毒。购买菌种时要严格把关，因为症状比较典型，基本可以通过目测发现。如果接种时发现被杂菌感染的菌种要及时处理，坚决不用。发现菌袋开洞或裂缝时要及时用胶带粘好。夏季高温拌料时要加入加入生石灰以防料发酸，在拌料时加入护树大将军可以消毒杀菌，减少菌种自身细菌感染。
