常见的虫害有螨类、线虫、跳虫、蛞蝓、菇蚊、菇蝇 等，害虫的特点是繁殖快，危害严重咬食菌丝或子实体，造成了实体死亡或葬失商品价值。
菇蚊
黑葵蚊、眼蕈蚊等双翅目昆虫统称为“菇蚊”。菇蚊的危害可使香菇减产30%左右。因此，有效防治“菇蚊”，可使香菇栽培增产30%左右。
生活习性和发生规律
菇蚊喜欢在潮湿、肮脏的环境繁衍，体积小繁殖快，幼虫喜潮湿，有趋光性，喜群居。真菌的菌丝是这类虫子最好钓食料之一，其危害方式主要是咬食菌丝，破坏菌丝正常生长，导致菌丝衰弱或死亡，同时还给杂菌的侵染创造了条件，使一些竞争性杂菌在菇蚊的为害斑上大量繁殖并产生抗菌素，引发病害而进一步破坏香菇菌丝，造成恶性循环。此外，跳虫、螨虫、线虫等也会趁机在咬斑内大量繁殖为害，加重危害程度。虫、病的综合作用结果造成菌丝自溶，培养基松散，黑水横流。
菇蚊的幼虫在人造菇木内为害2～3周后，变硬化蛹，经3～7天蛹期，羽化为成虫飞出，成虫飞出的当日便进行交尾，并很快产卵。每只雌虫能产卵数十粒至300粒不等。菇段受害后，病斑产生特殊美味，对菇虫有很强的引诱性。因此，菇蚊往往会回到病斑上产卵，引起下一个世代的为害。
综合防治措施
1、及时清理废旧培养料。香菇采收过程，应及时将废弃的菇木挑出集中堆放，采收一结束，应马上将全部菇木离架脱袋集中堆放，并彻底打扫菇棚。废料堆应远离下一批菇木的发菌场所，堆内泼洒5%的石灰水，然后在堆面喷200倍敌敌畏液，加盖塑料膜，这样既可促进发酵腐熟，又可杀虫灭菌。废料堆放40天后，可以作有机肥使用；同时应提倡办沼气池，以减少林木资源消耗，净化环境污染，减少虫害。
2、保持发菌场所和出菇场地清洁。堆放前发菌场所和菇棚包括人造菇木堆放地及周边环境要进行清扫，并用石灰粉或漂白粉消毒，杀虫灭菌。栽培前，菇房、菇场要喷药杀虫，可用40%的敌敌畏1000―1500倍液喷洒。菇林要疏排，及时翻堆，及时刺孔通气，加强管理，提高蕈菌自身抗病虫能力。老旧菇棚及时拆迁，推广使用遮阳网；菇棚或堆放场所周边环境要求保持清洁，及时清理生活垃圾、动物粪便、污泥浊水或废弃菌棒等。
3、正确掌握防除菇蚊的方法。防除菇蚊主要有喷雾、注射、挖除、诱杀等四种方法：
喷雾。喷雾是杀死菇蚊成虫的关键措施。通过喷雾杀虫可及时杀死成虫，大大降低成虫产卵量。杀成虫可用菇类专用杀虫剂菇虫净。该药具有触杀和胃毒双重作用，且药效持久，一般在刺孔通气前喷一次，到剥袋时（花菇除外）再喷一次即可有效杜绝成虫再产卵。
注射。对在筒袋内为害的菇蚊幼虫，可选用300倍敌敌畏液注射病斑，每厘米直径注射0.5～1毫升，不可过量。
挖除。就是挖除病斑，剔尽黑色木屑，然后涂上石灰水，同时及时烧毁或深埋剔除下来的病斑木屑。
诱杀。根据菇蚊对病斑的趋性，在人造菇木堆放场所选留部分菇蚊为害较重的菇木作诱饵，筒内施少量呋喃丹，诱其菇蚊产卵将其杀灭。
4、保护接种口。接种口是病虫染菌最容易侵染的部位之一，这几年接种期间，菇蚊为害猖獗。因此，要求全部封蜡或贴纸胶保护，也可套袋保护。
5、出菇期间发生眼菌蚊，可用40%的敌敌畏1000―1500倍液喷杀，也可用25%的菊乐合酯2000倍液喷料面防治。喷洒1000倍敌百虫或敌杀死溶液杀灭。
6、在刺孔前一天及刺孔后一周内，选用庆元县食用菌科研中心制的“农用蚊香”。杀灭堆放场所的菇蚊成虫，降低虫口密度。
7、非居室堆放场所也可用杀虫剂兑水喷雾。可选用3斤装的手持喷雾器，与居室相连的堆放场所，可选菊脂类低毒农药，如杀灭菊脂、溴腈菊脂、甲腈菊脂等，最好用一次性卫生杀虫剂，如雷达、枪手、灭害灵等。要注意人畜安全。
8、为害斑的治疗。早期受害的菌棒，为害斑将以菌虫混发的形成不断扩展，往往造成整段毁坏。因此，早检查、早治疗是降低损失的重要措施。具体方法如下：结合翻堆或平时操作，认真检查菌棒，接种口或刺孔单位如果发现局部变黑色，应及时选出处理。处理方法是将变黑部分（即为害斑）彻底挖除，用相同品种的菌块填补，再用塑料宽胶带封绑。用于填补的菌块，可从废弃的菌筒中选取，但要求菌块完好、无感染。
