一、农业防治法
1.换茬、轮作、切断病虫食源。对于发生过严重性病害或虫害的栽培房不应连续种植相同的品种，以防相同的病虫暴发，难以控制。
2.选用抗病性强、生活力强、高纯度的菌种。引进优良菌种时选择适宜于出菇季节温度出菇的品种，这样才能消除或减少病虫害侵染的机会，安全发菌顺利出菇。
3.保持制种场所环境清洁干燥。制种发菌场所提高菌种成品率的重要措施之一就是保持整个制种场所清洁、干澡、无污染菌袋、无积水、排水沟通畅、空气、水源清新、干净。这样空气中杂菌指数低，接种和发菌期间感染的机会也随之降低。
4.同一菇房同一品种，同期播种、出菇。采取这种措施是便于管理和防治病虫为害。在能保证正常出菇的条件下，并适当降低菇房内的湿度，增加通气量，有助于减少病菌的生存条件。采菇后及时清除残菇，断根，清除污染菌袋，保持菇房清洁，极大程度地降低病虫滋生条件。
二、物理防治法
1.强化基质灭菌或消毒处理，保证熟化菌袋的纯无菌程度。灭菌期间常压100℃维持8～10小时，高压121℃维持2.5～3小时，切实杀死基质内的一切微生物菌体和芽孢。使用的菌袋韧性要强，无微孔，封口要严，装袋时操作要细致，防止破袋。
2.规范接种程序，严格无菌操作。菌种生产要按照无菌操作程序进行，层层把关，严格控制，才能生产出纯度高、活力强的菌种。有条件的菌种场，灭菌灶应安排进袋口和出袋口门，中部隔断，出袋口处连接种室，经冷却后，在洁净台内接种。操作人员要穿戴好工作服，确保接种室的高度无菌程度。
3.安全发菌、防止杂菌害虫侵入菌袋。菌种或菌袋发菌室应具备恒温条件，温度控制在20℃～26℃之间，防止温差过大而引起菌袋出现水汽，杂菌入侵而污染。同时遮光培养，减少蚊蝇成虫飞入产卵为害。
三、化学防治法
害虫既是食用菌直接侵害者，又是病原菌在侵染的重要媒介，因此，防病与除虫要同步进行。在采取一切防患措施的基础上，适当选用一些高效、低毒、低残留的化学药剂防治，可以把病虫为害控制到最小的限度。常用的化学药剂如下：
1.石灰：栽培蘑菇、草菇、瓶菇所用的稻草可用1~2%的石灰水调至呈微碱性反应，又利防病很促进菌丝体的生长；采菇后也可用石灰上清液喷洒，有利产量的提高和防病。菇床培养料发现局部受木霉为害时，可用纱布包石灰粉，直接在污染处撒一薄层，可控制病害的扩展蔓延。棉塞受脉胞霉为害时，可将棉塞经火焰灭菌后，再在棉塞上撒石灰粉。段木栽培受一些大型真菌如红栓菌等的为害时，在刮除子实体后，期刮伤面应及时用5%石灰水（或波尔水液）涂抹，防止再生。
2.硫磺：菇房进料前的消毒，可用硫磺多点烟熏，剂量微5克/立方米，点燃硫磺后密闭48小时，过1～2天后进料。
3.煤油或柴油：棉塞、胶布等处如发现有粉红色的脉孢霉霉层时，应及时滴上适量的煤油或柴油，然后用薄膜包扎，可使霉层糜烂。
4.甲醛：菌种袋或菌种块层局部受木霉等杂菌污染时，可用2%甲醛溶液注射或涂抹。蘑菇培养料受胡桃肉状菌感染时，应及时将受污染的培养料及覆土挖掉，再用2%甲醛溶液喷洒感染的床面。
5.漂白粉：菌袋局部发生木霉时，可用10%的漂白粉溶液涂抹。菇房四壁、地面、床架等使用前可用漂白粉水消毒，一般用量为0.5公斤漂白粉溶于75公斤水中。
6.抗生素：母种培养基加入适量抗生素如链霉素、庆大霉素、金霉素等可抑制细菌的生长，加入量一般以每毫升含100～200单位为宜。银耳发现受红酵母为害时，应及时刮除有病的子实体，并喷洒每毫升100～200单位链霉素。
7.过磷酸钙：病原菌如白色石膏霉。褐色石膏霉等喜高温、偏碱条件，堆料时可适当增加过磷酸钙和石含量，既可提供营养又有防病作用，在菇床上局部发生这些病菌时，也可将过磷酸钙直接撒在发病的料上，能抑制病菌的蔓延。
8.波尔多液：一般用磷酸铜1公斤、生石灰1公斤和水100公斤配制而成，随配随用。蘑菇贝勒贝孢霉病的病原菌对铜制剂很敏感，用波尔多液或硫酸铜稀释液直接喷洒发病部位，对控制病害的扩大有一定作用。
9.敌百虫：草菇折翅菌蚊、平菇厉眼蕈蚊等发生严重时，可在出菇前或采菇后用90%敌百虫1000倍液喷洒。
10.敌敌畏：菇、耳房周围定期喷洒50%敌敌畏1∶1000倍液、可有效消灭虫源。
11.溴氰菊酯：平菇厉眼蕈蚊发生严重时，可于采菇后用2.5%溴氰菊酯1500～2000倍液喷洒。
12.毒饵诱杀：黑腹果蝇等成虫喜在烂果或发酵物上取食和产卵，可取一些烂果和酒渣放在盘中，倒入少量50%敌敌畏1000倍液以诱杀成虫。厮腐蝇成虫对醋酒液有趋性，可用酒：糖：醋：水=1∶2∶3∶4的糖醋酒液加上几滴敌敌畏液，置于灯光下诱杀成虫。用砷酸钙于饼糠（1∶10）制成的毒饵，于傍晚撒于栽培产生附近，可诱杀蛞蝓、蜗牛。
