定期对接种室、培养室进行甲醛熏蒸消毒。菇房的门窗、通风口要装纱网，防止飞虫出入。使用前应熏蒸消毒或喷洒药物进行表面消毒、杀虫。废料及出菇后的残料不要堆放在菇房附近。要清除菇场及其附近的枯枝烂叶、杂草及乱石堆。严格按要求对菌种培养基和栽培料进行灭菌处理，高温灭菌要做到压力到、温度到、时间到，不能随意改变灭菌条件。
栽培料的发酵处理有杀菌、杀虫的作用，应注意控制堆温和翻堆，保证所有的堆料都经过发酵过程。培养原料用前应曝晒，覆土用前要经消毒处理。严格菌种检查，避免污染由菌种传播。及时清除残菇，保持料面洁净。采摘子实体后应彻底清理床面，将菇根、烂菇、染害菇蕾除掉，必要时对床面进行消毒处理。利用病虫害的发生条件和食用菌的生长发育条件范围的差距，调节温度、湿度、水分、光线、酸碱度、营养、空气条件，抑制杂菌和病虫危害，促使食用菌正常发育。
常见病害：细菌性病害子实体污染现象：菌盖上的病斑呈圆形、椭圆形或不规则形。病斑外圈颜色较深，呈深褐色。潮湿时，中央灰白色，有乳白色粘液。菌杆、菌盖全部变黑褐色，质软，有粘液，最后整朵菇腐烂。子实体防治：出菇期间，菇房内温度控制在15℃以下。避开春季高温、高湿的影响。要及早治虫。发病初期，用漂白粉或漂白粉精兑水喷雾，或用浓度为40－50mg/l的链霉素液喷雾，可抑制病原细菌的扩展。
菌种污染现象：菌种制作时，常发现以麦粒及粪草为基质的菌种瓶（袋）外壁局部出现“湿斑”。和淡黄色的粘液（菌落）。打开棉塞有一股难闻的气味，类似有机物腐烂的腥臭味。这种现象大多是细菌污染。这些细菌多属于芽孢杆菌类。菌种污染原因：细菌污染的主要原因是灭菌不彻底、放气不足造成假压，灭菌时间过短等，都能造成灭菌不彻底而引起细菌性污染。灭菌后冷却速度过快，也会引起残存抗热性细菌的增殖而导致污染。
