正在生长的幼耳，颜色深褐（有的品种颜色较浅），耳片内卷，富有弹性。木耳成熟后颜色转淡，边缘内卷，耳根由大变小，耳柄收缩，耳片直立，有弹性，子实体腹面产生白色孢粉，这时应及时采收并干制。采收较为简单，仅需将生理成熟的整朵耳片轻轻拔下即可。采耳后，如果鲜耳上溅有泥沙、草叶等杂物，须先用清水漂洗干净，再进行干制。
毛木耳干制有两种方法，即日晒和烘干。日晒是干制最常使用的方法。将木耳均匀撒在晒席上，晒席要架离地面，或者推在纱窗网上，在太阳下曝晒2～3天便可以收藏。在晒干之前不宜翻动木耳，以免卷成拳耳或破碎。在大量种植木耳的耳场或产区，可建造烘干房或购买脱水设备进行木耳脱水。在烘烤中温度不宜急剧升高，防止木耳被烤焦。一般木耳可在30～40℃恒温烘烤。
当烘烤至七八成干时，可上下、里外翻动，促使干燥均匀。在烘干过程中如有木耳黏结成块，可以喷清水使其回潮离散，然后继续烘干。进入成熟期耳片开始反卷，当耳片反卷1／4～1／3时便可采收由于第一潮耳较多丛生，各耳片的成熟度有所差异，但很难做到采大留小。当有90％的耳片成熟时就可采收。为了后续管理方便均是一次性采收。第二、三潮耳较少丛生，多为单片生长，可采大留小。
白背毛木耳和其他菌类不一样，只要不被病虫侵染，迟采几天也可以。采收时用特制小弯刀或锋利小刀在蒂头处割下，最好不要损伤料面，否则会影响出耳。出口级白背毛木耳只能晒干，不能用脱水机烘烤，否则毛面色泽洁白度较差。由于耳片在成熟后期停止喷水管理3～5天，耳片失水较严重且发硬，不易进行洗耳。将采下的木耳修剪蒂头，堆在铺有彩条布的地面或水泥地上，洒些水让耳片略回潮。
耳片预堆的高度为20～40厘米（视天气而定），只要堆内不发热，处于湿闷状态，有利于绒毛的伸长。堆放期为1～4天，不可堆积过久。春季阴雨绵绵，可将木耳摊薄、风干、贮存，待连续天气放晴时，给予回潮、剪蒂、洗耳。将木耳倒入洗耳机的进料口，开动洗耳机，逐渐推入锥形滚筒内，通过滚筒上的橡皮导向板带动木耳相互摩擦，将附着在耳片上的杂物及孢子洗落。
由于洗耳机是连续进出料，如果耳片上孢子粉或杂物较多不易洗干净，可通过正向开机一会儿，再反向开机一会儿，让木耳在洗耳机内充分洗涤再出料，但洗耳时间不宜过长，否则将造成碎耳过多。选择较通风的草坪地或水泥地（多选择在山坡上方），用彩条塑料布或遮阳网垫底，将一框框洗净后的耳片搬到晒场，一片片摊开，绒毛面朝上，在烈日下暴晒，最好一次晒干。
在暴晒过程中耳片未发硬时，尽量不要去翻动，否则耳片会卷曲，外观较差。遇到阵雨应及时将彩条塑料布覆盖，否则将使耳片回潮，又出现新的孢子粉，影响商品外观。晒至足干后进行分级。草菇栽培正值高温季节，生长迅速，成熟的草菇（蛋形期）在1～2小时内便会破膜开伞，即便是采后的草菇，若未及时加工也会继续生长破膜，导致品质下降。
传统的草菇干制是用太阳晒干，由于晒的温度较低，草菇还会继续生长，使菌盖脱离菌膜，并且色泽也较差。要烤出优质的草菇干，须用双温段烘烤。采后的草菇立即进行整理，削去根基，除去泥沙杂质，然后用竹片刀（或不锈钢刀）把草菇纵切为两半，排于烘筛上，立即放入65℃左右的烘房内处理30分钟，使菇体细胞失活，也可破坏细胞内氧化酶类防止菇体继续生长及变色。
然后把烤房温度降至50℃烘烤至干。这样烤出的草菇菌盖仍可包在苞膜之内，菇体（切面）洁白，香味好，质量好，必须注意，第一温段的温度不可超过75℃，否则，菇体“煮熟”而呈水渍状，烤出的草菇焦糊状，色泽发黑，没有商品价值。在第二温段烘烤时，温度应尽量保持稳定，避免大幅度地波动，否则烤出的草菇色泽变深，外观也较差。草菇采收后，若不及时加工，会导致品质下降。传统的草菇干的制作是太阳晒干。要想烤出优质的草菇干，必须用双温段烘烤。
