以培养料和覆土的处理为重点。食用菌各种病害的病原菌大多存在于培养料和覆土材料中，因此，除进行发酵料栽培外，尤其是在发病区和老菇棚，应尽量进行熟料栽培。在平菇的栽培实践中，近几年黄斑病普遍发生，且有严重发展的趋势，但熟料栽培的基本没有造成危害。
狠抓场所和环境消毒。不少病原菌自然存在于土壤表面、空气和各种有机体上，特别是老菇房的内壁和床架，会有前一生产季存留下来的病原菌。环境和场所消毒最简单和最经济的方法是在阳光下暴晒，可将菇棚盖顶掀起，先晒地面，然后深翻，再暴晒。甲醛、过氧乙酸、硫磺、漂白粉等也是很好的环境消毒剂，且无污染。
先采菇后施药。用药物防治时，若不先行采菇，药剂很容易污染菇体，并造成大量残留。因此，药剂防治时，必须做到先采菇，后施药，施药后菇房采取偏干管理，以抑制子实体原基形成。目前使用的杀菌剂残留期一般在14天左右，多数食用菌子实体从原基形成至成熟采收需7天左右，因此，施药后8天方可采菇。
