1.多代无性繁殖。一般经5～6代无性繁殖后就开始出现退化现象，但在不同土质上栽培，退化的快慢程度有差异，用花岗岩土壤栽培的退化较慢，其次为黄棕壤沙土母质，页岩或石灰岩风化形成的偏酸性土壤。
2.连作。一般情况下，头年产量高，次年低，3～4年后，产量迅速下降。
3.蜜环菌退化。先是表现为适应性、抗逆性降低，菌索生长缓慢；继而出现菌索无弹性、易碎，甚至变成空壳。随着转接代数不断增加，蜜环菌在菌材上形成又粗、又长、又多而分枝的棕黑色菌索网。
4.密集深层栽培。此法导致天麻生长过程中缺乏氧气，而导致生命力下降。
5.病害。老种麻、老菌材、老窝子最易感病，轻者生长不好，重者绝收。
6.高温。诱导加速发病，造成天麻生长不良，最明显的是箭麻头部呈“瓶颈”状，米麻、小白麻增多，烂麻增多。
防治方法：①用野生种和异地引种，特别是从地势高处向低处引种。②筛选培育优质蜜环菌种，提纯扩大，分系比较，复壮繁殖，培育优质菌材，用优质疏松的培养料作填充料和覆盖物。③更换栽培场所，选用酸性沙壤土，避免连作。④采用有性繁殖技术。有性繁殖和无性繁殖相交替，有性繁殖的球茎只种4～5代。⑤应用杂交种。⑥严防病害。
