对覆土材料进行有效处理，是防止带病进棚的重要环节。覆土材料的杀菌处理，我们倾向于暴晒、药物、堆闷的办法，选择覆土材料后，在硬化地面进行暴晒，随着翻动，使土粒保持在0.5厘米以下的粒度，多为粉末状，配制100倍蘑菇祛病王溶液边喷边拌，反复2次，建棚后覆膜进行堆闷，效果极好。
基料处理要严格，这是确保“不带病进棚”的关键环节。该阶段包括干料的暴晒处理，堆酵处理的均匀一致和装袋播种的规范化、熟料接种以及培养发菌等环境的清洁杀菌。完成发菌后，菌袋进棚前应配制200倍蘑菇祛病王溶液，盛于大盆等容器，将菌袋逐浸洗一遍后再进棚。
菇棚内经常喷洒杀菌抑菌药物，是出菇管理过程中主要的预防手段。自菌袋进棚或基料进棚播种后，即应经常喷施药物，以达预防病害之目的。由于棚内相对密闭，通气相对较差，加之空气湿度偏高和温度较恒定，故可诱使病害的发生。
将病害消灭在萌芽之中。初发之时，是防止病害大量繁殖形成危害的主要措施。对初发病害，应下狠心进行彻底处理对菌袋立体栽培的，连同发病菌袋清理出棚，浸药后深埋处理。数量较大时，可喷药后进行堆闷，也可撒拌石灰粉后进行堆闷，方法是；建堆后，用稀泥巴将料土堆封堆，令其自然发酵、产热，杀死病菌。对覆土栽培的，应扩大病区范围连同基料一控到底，清理出棚。
有效防止和杀灭害虫，也是防治病害的重要措施之一。
大多害虫往往携带大量病菌，一旦进棚，即可形成“病源”，到处传播，形成蔓延，因此在防治病害的时候，万不可忽视对虫害的控制和杀灭。主要措施有：清理外部环境，喷施高效低毒药物控制虫源；菇棚门口撒施2米以上石灰过道，以防爬虫类进入；通风口、门口封挂防虫网，以防飞虫类进入；发现虫害后，采取毒饵诱杀方式，效果较好。对菇蚊蝇类，可在出菇间歇期喷洒灭害灵类即可杀灭；也可配制糖醋液诱杀，按高度白酒：糖：醋：水为1：2：3：4的比例配好后，加生产方式3～4滴ddv液，盛于容器，成虫趋味飞入，即可杀死。
