2.生料和发酵料栽培的杂菌控制。生料和发酵料中自然存在着多种微生物。食用菌培养期间，污染能否发生主要取决于料的微生物区系中各种微生物之间的平衡状态，这种平衡一旦被打破，污染就会发生。通常采取以下措施预防污染。
①提高培养料的ph值，在不明显影响食用菌菌丝生长的前提下，抑制霉菌的生长。
②适当偏干，增加透气性，促进食用菌菌丝生长，抑制霉菌生长。
③加大接种量，占取料中微生物种群优势。
④料中适量加入多菌灵等杀真菌剂，抑制霉菌生长。
⑤创造利于食用菌生长的环境条件，如温度、通风，促进食用菌生长来抑制杂菌的繁殖。
⑥科学合理发酵，制作只利于食用菌生长而不利于杂菌生长的选择性基质，包括适于食用菌生长的理化性状和微生物区系。
3.出菇期的杂菌控制。一般而言，出菇期不容易出现初次的杂菌侵染，除非环境条件过于不适，如高温高湿或过度不洁。预防出菇期杂菌污染的有效途径，一是防高温高湿，保证通风充分，二是及时清理床面，清洁菇房，保持卫生状态良好。
