防治结合治病虫害
冬季食用菌虫害的种类有螨虫、菇蚊、菇蝇等，对食用菌虫害的防治应以农业防治为主，以免造成污染。
水浸法：瓶栽培的和袋栽培的可将水注入瓶、袋内，块栽培可将栽培块浸入水中压以重物，浸泡2-3小时。
诱杀法：对于害螨，可在菇床上铺上纱布，将刚炒好的菜籽饼撒一层在纱布上，螨就聚集于纱布上，将纱布在浓石灰水中浸泡杀死螨;对蚊蛾用黑光灯或节能灯诱杀。
药剂法：在没有子实体生长的情况下，可以喷洒菇净1000倍液防治食用菌害虫。菌种或者菌袋中有活虫或虫卵时，可将菌种和菌袋浸泡在2000倍液菇净药液内，浸泡一天。
冬季食用菌生产低温高湿，易发生病害，主要有褐腐病、褐斑病以及软腐病等造成死菇、烂菇，防治的总原则是“预防为主，防治并重”：
清理“病源”
无论生产中的废料、污染料，污染的菌袋，或者发生病害后清理出棚的菇脚、死菇、料表废料等，均应进行彻底处理，集中生产区最好能统一指定销毁地点进行处理。
提前预防
对菇棚进行彻底消毒杀菌处理，一般采取菌袋发菌至出菇期间每5天左右对棚内墙体、地面喷施一遍5000倍液的必洁仕牌二氧化氯消毒剂，防治效果非常理想;也可以使用300-500倍的百病傻溶液与200-300倍赛百09交替喷施，也有一定的防病效果。注意：出菇期间的用药，一定不要触及子实体，一旦正常菇体沾附该药物，则生长停止，并使子实体携带药物，形成药物残留，不符合食品安全规定的要求。
以平菇为例：
发现侵染性病害后，可停止菇棚用水，将死菇、死蕾等摘除，并将料表刮掉0.2厘米左右，露出新料，将所有废弃物清理干净，使用5000倍液的必洁仕牌二氧化氯消毒剂喷洒或者浸泡菌袋，或者兑配200-300倍的百病傻溶液对料面及病区进行喷洒，严重者可对料面进行药液涂刷，并隔天再喷洒一次。
注意：药物浓度要适当，不可随意提高;在用药以后，应加强遮光、通风等管理，使蘑菇菌丝有一个休养生息的时间及条件。待被破坏的料面重现菌丝并呈现倒伏或匍匐状生长时，预示着再次现蕾出菇，此时即可再度进入出菇管理阶段，重复出菇管理即可。
