我国食用菌产业的发展更多的是依靠菇农群体的扩大，但一旦发展到一定程度以后，不论是从种菇成本效益的角度考虑，还是从食用菌产业可持续发展的角度考虑，都需要及时做好食用菌产业结构的转型升级。
食用菌产业结构的转型升级是当今菌界最热门的话题之一，我们首先需要澄清一些认识和行动上的偏差。首先，要防止口号上的转型升级，实际行动却比较迟缓。其次，一说到食用菌产业转型升级，许多菌人想到的就是引进外资，引进高技术、高附加值产品。实际情况是，我们引进了大量的国外食用菌工厂化设施与技术，产业似乎更“科技”了，但我们自己还是处于产业链的低端。国外看中的就是我们相对低廉的要素成本，我们不能将宏观的区域整体产业结构战略性调整寄希望于工厂化食用菌企业升级。很多事实都表明，食用菌设备可以买来，但食用菌的核心技术、先进的管理理念是买不来的。
有些菌人认为，食用菌产业转型升级就是要淘汰传统生产模式，发展高标准的工厂化食用菌。其实，食用菌产业没有绝对的先进模式，只有先进技术或先进思维。同样是生产双孢菇，欧洲一些食用菌企业能够抓住行业本质，减少前导时间达到快速反应，盈利能力非常高。相反，风光一时的山东九发集团却濒临绝境，这已经给现实敲了一记警钟，食用菌产业技术看似升级了，但日益膨胀的产能可能转瞬间就成为不良资产。所以说，食用菌传统生产模式改善技术和管理，仍可以变成强势模式。而如果没有强大的原始创新能力，以及很好的科研成果商业化链条和服务，食用菌工厂化模式拿到的可能还是利润的“边角料”。
从经济发展规律来看，食用菌产业结构转型升级绝非朝夕之功。研究表明，劳动密集型主导产业在整个工业化进程中持续时间最长。如果说我国食用菌产业从上世纪九十年代中后期进行工业化进程，从现在开始转型升级，那么我们完成食用菌产业结构调整的时间大约还需要几十年。虽然随着食用菌技术创新和管理进步，食用菌产业转型升级的过程将有所缩短，但绝不会是一年半载。
笔者认为，食用菌产业结构转型的核心是转变效益增长来源的 “类型”，而不是单纯的 “转行”。转行与转型之间没有必然联系，转了行未必转型，转了型未必转行，只有效益类型改变的转行才是转型。食用菌产业升级包括两种类型：一是产业之间的升级。即产业结构从低级水平向高级水平的发展。这包括：在整个产业结构中，由第一产业占优势比重，逐级向第二、第三产业占优势比重演进；由劳动密集型产业占优势比重，逐级向资金密集型产业、技术知识密集型产业占优势比重演进。二是产业内的升级。即食用菌产业内部逐步纵深化发展，实现高度化与技术集约化。食用菌产业结构转型与食用菌产业结构升级是相互促进的，食用菌产业结构转型的方向是食用菌产业结构升级。参考文献略【作者myb转载请注明来源于易菇论坛】