我国食用菌产业已步入高成本时代，部分地区出现了产大于销的局面，基层的菇贱伤农现象时有发生，这个产业已到了转型升级的关键阶段，但有些同仁应对产业转型升级的能力较为薄弱，尤其是某些食用菌企业核心技术缺失、创意相对落后，这些问题严重制约了我国食用菌产业的生存与发展空间。
我们菌界同仁必须以发展的眼光站在战略的高度，遵循与自身掌控的资源及能力相匹配的原则，立足于打造食用菌企业的长久竞争力，根据自身企业的不同状况确立适合的战略及实施步骤，做出持续不懈的努力，逐步实现产业的转型与升级。
应对食用菌产业的转型升级措施一是自主创新
实际上任何一家食用菌企业保持竞争力的秘诀之一就是实行“差异化战略”，就是将企业生产的菇类品种、模式与竞争对手分开。打造食用菌行业独特的、新颖的、创意性强的一些东西。凡食用菌企业自主创新能力强，产品结构优化，市场竞争力明显就能应付产业的转型升级。一方面要做到持续加大研发投入，强化技术创新。充分调动技术人员、员工、老板的积极性，使食用菌企业真正成为自主创新的主体。另一方面要把自主创新和引进消化吸收再创新相结合起来，在目前食用菌行业的实际情况来看，创新仍要以引进、吸收先进技术为基础。在加大技术引进力度的同时，一定要注重消化、吸收和创新，在此基础上努力发展拥有自主知识产权的技术和产品。在条件成熟时，尽快从单纯引进的模式向技术引进与自主创新相结合的模式过渡。再一方面就是要完善自主创新的形式与结构，从横向看，食用菌企业要与涉菌高等院校、科研院所合作建立技术研发的协作机构，开展多种形式的产、学、研联合，逐步建立以食用菌企业为中心，涉菌高等院校和科研院所广泛参与，利益共享，风险共担的科学化、制度化、规范化的产、学、研联合机制。从纵向看，食用菌企业本身要与其它食用菌企业及产业链上下游企业甚至菇农建立产业技术联盟，共同进行研发活动。
应对食用菌产业的转型升级措施-转变运营模式
中国食用菌产业发展到现在，是谁获利最大？我感觉只有掌握前期研发（包括技术、菌种、设备等）和后期的品牌营销、服务等才能占据高利润，而庞大的劳动密集型的中间生产环节（广大菇农和大大小小的专门生产企业）是整个价值链条中最不赚钱的部分，而且容易被同行以更低的成本优势取代。因此，着眼于提升从业者素质的需要，中国食用菌产业要逐步转变以尖端科研、加工环节、营销环节为主的运营模式。
从产业层面看，中国食用菌行业发达省份应该把劳动密集型或技术含量低的生产领域转移到贫穷落后的偏远山区；从食用菌企业层面看，食用菌龙头企业、有规模、有实力的大企业可以分拆产业链，将自己认为是核心的部分留在企业内部，而把生产环节等非核心部分在行业范围内有选择地外移或外包出去。在食用菌行业 “研发、采购、生产、营销、服务”这个链条中，将资源更多集中在研发或者营销、服务等环节，在企业价值组合中生产中所占比重将会下降。
当然，去掉或减化生产这个链条，更多是整个产业链的完善和延伸，而不是对生产的抛弃，只不过生产环节所产生的价值在明显下降。这样食用菌企业的精力可以从追求生产规模上解脱出来，进行资源整合与资本经营，如吸引优秀人才、整合研发和渠道、进行产业链整合等。
应对食用菌产业的转型升级措施—生产流程再造
我国食用菌产业虽然在规模上已居世界第一，是名副其实的食用菌生产王国，但总体还处于全世界食用菌产业链的低端。绝大部分是以低成本、廉价的产品充斥国内外市场。即使我们这个产业再怎么转型升级，这种现象还会会长期存在的，我们只能加以改善。位于产业链低端并不必然等于产品一定是低附加值的。对于这些技术成熟的行业，产品创新无疑是永远的发展方向，但在一定时期内产品趋近、趋同的情况下，努力的重点方向应当是实施“低成本领先战略”来降低产品成本，提高产品性能与质量。有种方法可以考虑运用：就是实行生产流程再造。在生产技术相对成熟，短期内无法取得质的突破的情况下，食用菌企业可以创造性地利用成熟的技术，通过流程再造、运用新工艺，或重构生产组织来提高投入产出比，降低产品成本，提高竞争力。如通过研发提高竞争力，创造消费者新的需求，最终创造新的市场。通过搭建先进的营销网络，促使产品销售的活力。
应对食用菌产业的转型升级措施--实行集群化生产方式
食用菌产业的竞争优势来源于产业集群。食用菌产业集群能够形成规模经济、范围经济、专业化的分工协作以及配套服务提高生产效率。我国食用菌企业经过几十年的发展，已经涌现出一大批具有相当规模、实力的企业，食用菌产业集群在我国尤其是食用菌发达省份已经有了一定基础，未来更多的是食用菌产业集群优化、升级的问题。从企业、产业层面看，其升级路径选择可以从以下方面入手：
一．以大型食用菌企业为主导的产业集群
这类集群是以技术和资金密集大型食用菌企业为核心，以专业化生产和配套服务的中小企业为外围，纵向分工明显，集群技术创新能力较强。一般而言，集群已在形成品牌并具有较大影响，集群升级主要靠食用菌大企业带动，以市场扩张为重点，通过集群内产业重组和整合营销战略，实现集群全方位的发展。这类升级需要以食用菌大企业技术创新和创新成果向配套中小企业扩散为基础，并通过供应链管理，形成互动发展和有机协调的网络，才能有效地实现集群的整体升级。
二.以高科技和知识为依托的食用菌产业集群
这类集群以食用菌技术和知识创新与扩散为特征，以食用菌高技术综合体或食用菌工业示范园区为载体，由生产者驱动，具有明显的知识网络效应。食用菌产业集群升级的主要路径是“引进+模仿→消化吸收→再创新→自主知识产权产品→品牌”，其中研发和设计等再创新活动是集群升级的战略性价值环节。集群升级的主要路径是“科研要素长期累积→专业化科技研发→成果产业化(孵化)→技术扩散→模块化生产→市场整合与扩张→品牌”，其中孵化和技术扩散等是集群升级的战略性价值环节。
应对食用菌产业的转型升级措施-循环经济
当前，资源环境的压力要求食用菌企业增长在注重规模、效率和速度的同时，必须满足和促进生态环境的保护。推行循环经济，采用绿色、有机食用菌生产是企业转变增长方式的必由之路。做好这点首先要以技术进步作为坚强后盾，以技术进步为支撑。因为推行循环经济的关键是要解决不同生产环节之间的链接技术。这中间包括综合利用资源（原材料和能源等），开发二次资源（利用菌糠等），在绿色生产过程中防止物料流失，改进设备和工艺流程，搞好污染防范及末端处理等。现在的情况是：一是有先进适用的技术可用，或有先进适用的技术组装配套；二是没有现成技术，需要科研创新；三是对一些技术难题，甚至行业中还没有解决的难题，食用菌企业要在国家有关部门的支持下安排专项资金，集中目标，进行攻关。只有技术水平提高了，才能提高资源利用的水平与效率。其次要将生态菇园作为优选模式
这是因为食用菌企业推行循环经济就是要以物质循环的方式，在生产总量大幅增加的同时，加强资源综合利用，最大限度地利用各种废弃物和再生资源，实现企业污染物排放总量持续减少。从生态学的角度看，循环经济是一种生态型的闭环经济，只有在封闭的情况下，物质才能得以循环运用。因此，生态菇园是实施循环经济的优选模式。因为生态菇园保证了企业的封闭运作，产业链中产生的诸如菌糠之类的废弃物才不会被排放到企业之外，而是进入产业链的下一级继续使用，进而达到资源综合利用与环保的双重目标。