覆土是双孢蘑菇由营养生长向生殖生长转化的关键技术之一，当双孢蘑菇的菌丝长满培养料后，就可以及时覆土。
覆土材料的制作
（1）土壤的选择：覆土材料要求疏松、有持水能力，一般用中性土壤，也可用人工合成的营养土。目前用泥炭土、水稻土、菜园土较多，但必须是没有化学污染、当年没有施过蘑菇废料的田块。取15～20厘米以下的土备用，因为15～20厘米以下的土很少有线虫、胡桃肉状杂菌和疣孢霉菌等潜伏性的病虫和杂菌。
（2）制作：把从田里取回的土放在水泥地上摊开、打碎、晒干、筛去土中的杂质；取当年新鲜无霉变、无虫的砻糠，用0.1%、pH10以上的石灰清水浸泡24小时后捞起，按土、糠3:2的体积比拌匀，再用0.1%、pH8～9的石灰清水对砻糠土调水，一直到手握能成团，撒手能散开的含水标准，制成的覆土材料pH值为7.5左右，土、糠不能分离。
覆土方法
（1）覆土时间：以菌丝长满培养料料层时为覆土时间，一般是播菌种后15～20天。有的为了早出菇，不等菌丝长到底就覆土，在这种情况下，料表的菌丝继续往土层上面生长，而料内的菌丝则往下生长。由于菌丝分别向两个方向生长，爬土慢，反而会延迟出菇时间。
（2）覆土方式：不分粗细土，一次性覆土。
（3）覆土厚度：3～4厘米为宜，且保持厚度相对一致。
