菌丝培养阶段俗称养菌，菌丝的生长过程通过将基质转化为自身营养，并在体内积累，养菌质量直接关系到将来出菇的时间、产量和质量，养菌具体要求如下：
1、养菌棚、室要求：干燥（空气相对湿度在60-70%）、卫生、暗光、恒温（24℃左右为佳）、通风。
搭建养菌棚，要远离污染源，周围无养猪、养鸡场、厕所等，无垃圾废物，腐朽及不洁净的草帘等物不能搭在棚内层，避免滋生杂菌造成漫延，危及菌袋。
菌袋入棚前，必须对棚内和棚周围进行严格清扫消毒、灭菌，确保养菌环境安全。
2、菌袋排放：菌袋进入养菌棚室，堆放高度1米左右，堆与堆之间要留有空隙和人行道，便于出入管理。
3、温度调节：菌丝生长最佳温度23-25℃，保持恒温发菌是关键。温度会直接影响菌丝生长速度和质量，温度高时容易造成烧菌杂菌污染，还会造成菌丝徒长，易衰老，活力抗性不强，在适宜温度范围内，温度偏低，生长速度虽有所下降，但菌丝体健壮，活力强，抗性强。(在实际管理时建议按22-23℃为宜，菌丝健壮生长，菌丝密度大，有利于控制杂菌)，冬季温度低注意增温保温，用煤火加温时，要安装排烟管，防止煤气中毒或失火事故发生，炉火管道或送热管道与菌袋要保持一定距离，以免高温烫伤菌丝造成损失。后期温度高时，要注意通风降温。养菌全程要求平稳，温度忽高忽低会影响菌丝生长。冷天低温季节，通风时间要选择在中午高温前后。整个养菌期始终要防止高温烧菌，冬春冷天时间较长，如果不采取加温保温措施，温度达不到要求，菌丝长期处于低温不能生长，会影响生理不能按时成熟，出菇期推迟。4、翻堆检查：接种10天后(或菌丝长到8-10公分时)，翻堆检查。菌丝发育生长的正常不正常，先看菌丝是否洁白旺盛，有没有发黄发红等现象，正常的菌丝呈放射状向周围均匀整齐生长，若发现不规则状花斑或点状现象，要看是否袋里有杂菌感染。
①小面积轻微杂菌感染，局部注入杀菌药剂（如酒精）后移至通风、暗光处隔离培养，链孢霉用塑料袋包裹，小心移出室外放在阴凉通风处盖好或者深埋养菌，感染较严重的彻底隔离，晾干掺加新料重新灭菌接种。
②发现没有发菌的“死穴袋”要重新补接菌种。
③发现发黄发暗红则应考虑温度高或缺氧或菌丝不旺，可以通过刺孔增氧生长后，明确找出原因。
5、刺孔管理
香菇属好氧真菌，在生命活动过程中，不断吸进氧气，放出二氧化碳。菌丝短期缺氧时，能借助酵解作用暂时维持生命活动，但要消耗大量营养物质，菌丝逐渐衰弱老化，缩短寿命。菌丝严重缺氧时，生长受阻，培养料难以被菌丝覆盖，易染杂菌。香菇菌袋在培养阶段，一般要经过三次刺孔过程。通过刺孔使菌丝吸氧充分，使生长处于活跃状态，代谢活动加强，使菌丝健壮生长。
刺孔的原则是：做好工具消毒，先少后多，先浅后深，先细后粗，在料面结合紧密处刺，不能带起薄膜，不能触及生料。不能在瘤状物上刺，不能在杂菌感染处刺，气温在30℃以上时不刺，料袋过松不能刺小孔，待菌丝长满袋再刺孔，大袋、湿袋适当多刺孔。
第一次刺孔：当菌丝长到8-10公分大小，用牙签刺孔4-6个，深0.5-1公分，刺孔后菌袋“井”字型排放6-7层，堆与堆之间留空隙。定期通风。
第二次刺孔：菌丝大部分相连，菌丝占袋三分之一或一半时第二次刺孔，用毛衣针每穴刺6-8个，深2公分，加长通风时间。（菌丝相连时及时脱去外套袋）
刺大孔：第三次刺孔应在菌丝长满半月后瘤状物达2／3时刺大孔，刺孔筷子头粗细即可（5毫米左右），每袋刺孔50—80个，刺孔多少根据袋子干湿度、袋子大小情况掌握和养菌环境而定，刺孔后三四天内不要湿水。
每次刺孔以后，菌丝经过刺孔增加氧气，活力增强，生长速度新旧代谢加快，自身会产生热量，袋温会持续升高，特别是刺大孔后，袋温往往比气温高5℃以上，这时必须注意温度变化，及时疏散菌袋，改变堆形加强通风降温，防止高温烧菌。通风换气是养菌过程最有效的增氧降温方法，也是管理的关键，时时刻刻都应注意。随着生产规模的扩大，不少人不刺小孔或者少刺小孔，也不翻堆，表面虽看不出明显区别，但对出菇有影响，对高产有影响，所以不要图省事、怕麻烦、怕开支而不刺小孔。整个养菌期一定要做到勤查勤看，随时发现问题，随时解决问题，不能拖延。每次入棚检查时，都要先将棚门打开。通风后，操作人员再进入棚里，以免棚内缺氧造成人员窒息，危及生命安全
