覆土后的管理：从覆土至出菇约需15-20天，其间不仅要促进菌丝在料和土中的生长，又要使菌丝在土层中不板结成块，为以后出菇打下基础，在这阶段要注意水分管理和菇房通风，要求菇房温度在18℃，保持相对湿度85-95％。
双孢菇出菇管理：临将出菇前3天左右，关门吊菌丝，当菌丝达到土表，没大面积出土，打一次扭结水，之后2-3天菌丝扭结出菇，表土层出现小黄米大小的菇蕾，打出菇水（覆土后15天左右），每天喷水一次，连续喷2-3天。此时菇房温度应在18℃左右，低于15℃，或高于20℃均不宜喷水。再过7-10天子实体长到黄豆大小，加大通风换气，并保持菇房温度10℃左右，当气温在18℃以上时，可进行夜间通风，低于18℃，白天通风，加强喷水量，空气相对湿度90-95％。
出菇期间的追肥，每潮菇采收后可进行一次追肥，可使用尿素0.5％溶液进行喷施。或采用菇根汤，即将鲜菇根脚冲洗后。加水煮沸10-15分钟，取其过滤液，再加清水10-20倍喷施，对小菇生长有促进作用。
采收：当蘑菇长至3-5cm大小时，进行采收，潮菇明显，一潮菇约4-5天，每次采菇结束后，应将采菇留下的空穴用湿润的细土粒补平，保持畦面平整，捡出床面上剩余菇脚及死菇，养菌丝约2-3天，再喷水。等待新的潮菇出现。一般可采收2-3个月，每平方米产量可达10-15kg。
菇房、培养料、工具、覆土的消毒和清洁工作。
对菇房及菇床的管理，特别注意水分管理，防止过干过湿，引起病害发生，及时清除病菇，并用石灰粉对病菇生长处进行消费。
发现病虫，及时防治，注意防治鼠害发生。
果蝇的防治：加强通风换气，防止高温、高湿。虫害发生时可停水使床面干燥，让幼虫因缺水而死，可用0.3％氯氰菊酯喷杀。
褐斑病的防治：病发生时应加强通风，降低棚内温、湿度，清除病菇，用0.5％的石灰水进行消毒。
