食用菌工厂化栽培是最具现代农业特征的产业化工业生产方式，其采用工业化的技术手段，在相对可控的环境（温、光、气、湿）设施条件下，组织高效率的机械化、自动化作业，实现食用菌的规模化、集约化、智能化、标准化、周年化生产。
我国食用菌工厂化生产起步较晚，至今在国内还没有形成较为明确、较为统一的食用菌工厂化定义，但相对较完整的定义为：在不同气候条件下，在单位土地面积内，采用现代工业设施和人工模拟的食用菌生态环境技术，创造出适合不同菌类不同发育阶段的环境，进行立体、规模、全天候周年栽培，逐步实现生产操作的机械化、生产环境调控智能化，以达到不受季节限制的周年化、产品质量标准化的一种生产模式。其目的就是提高全年食用菌复种次数（一般自然栽培全年1～2次，工厂化栽培全年都可进行），提高设备设施的使用效率，提高资金周转使用率，从而使传统的食用菌生产方式升级为一种新型的、高效优质的、集现代农业工业化管理为一体的先进生产方式，进而实现食用菌产业现代化。
在国外食用菌工厂化生产起步较早，1947年荷兰在控温、控湿和控制通风条件下，栽培双孢菇获得成功，由此开创了世界草腐菌工厂化栽培的先河，之后美国、德国、意大利、法国、波兰等国也相继实现了双孢菇的工厂化生产，并得到迅猛发展。1965年日本长野县创建了第一个金针菇的工厂化瓶栽生产基地并获得成功，由此开创了世界木腐菌工厂化栽培的先河。韩国在日本的基础上开始了食用菌工厂化生产的尝试，近年来已迅猛发展成一个新型产业。欧美、日本、韩国等国家发展至今，食用菌工厂化产业已被公众誉为“蘑菇工业”，在专业化生产方面发展十分完备，分工十分明确，规模效益也十分惊人，如日本长野最大的金针菇工厂化生产厂每天产量可高达30 t，生产实现了全程自动化。
在我国20世纪80年代台湾省首先引进日本栽培模式，开始了金针菇的工厂化生产，促进了我国木腐菌工厂化的栽培，同时期山东九发食用菌股份有限公司从美国引进了双孢蘑菇工业化自动生产线，促进了我国草腐菌工厂化的栽培。20世纪90年代，一些台商在内地开始兴建了金针菇工厂化生产基地，国内部分企业在借鉴国外先进经验的基础上，开始建立具有中国特色的食用菌工厂化生产基地，如上海浦东天厨菇业有限公司工厂化栽培白色金针菇。随后规模大小不等的食用菌工厂化生产基地开始不断涌现，据不完全统计，目前全国食用菌工厂化生产厂家已有200多家，鲜菇总产量40万t以上，栽培品种主要有白色金针菇、杏鲍菇、白灵菇、真姬菇、双孢菇、鸡腿菇、草菇，其中白灵菇工厂化栽培为我国首创。预计2010年我国食用菌工厂化厂家将达500多家，鲜菇总产量可达100万t以上。（常明昌主编《食用菌栽培》第二版 2009年中国农业出版社出版）
