杂菌与食用菌的关系相当于杂草与绿色作物的关系，它们并不像病原菌那样直接侵害食用菌，而是通过在培养基质上的生长，与食用菌争夺养分，同时形成毒素，抑制食用菌生长。危害食用菌的杂菌主要是霉菌类和少数的高等真菌、细菌及黏菌。
1.熟料栽培的杂菌控制。熟料栽培的杂菌污染源主要有培养料带菌（灭菌不彻底）、菌种带菌、接种工具带菌（灭菌不彻底）、接种操作外界杂菌侵入和培养期间的外界杂菌侵入等。据此，防治要点应在于：
①选用洁净新鲜无霉变的原料，并彻底灭菌。这是预防杂菌污染的第一道防线。
②认真挑选菌种，杜绝菌种带杂菌。
③科学配料，控制水分和ph值，创造不利于杂菌侵染的基质条件。经验表明，料中麦麸多或加入糖后，霉菌污染率较高。当用豆粉或饼肥粉代替部分麦麸，并无糖时，霉菌污染率可明显降低。含水量偏高时，霉菌污染发生多，含水量偏低时，霉菌污染发生少。
④严格接种，严把操作关。
⑤创造适宜的培养条件，特别要注意场所洁净、干燥，以减少外界杂菌的侵染。
