生理性病害：
生理性病害又称非侵染性病害，主要是指在栽培过程中，由于其自身的生理缺陷或遗传性疾病，或由于生长环境中不适宜的生理、化学等因素直接或间接引起的香菇菌丝体或子实体正常代谢功能受到不同程度的干扰和抑制，失去生存保障，同时在生理上、组织上、形态上产生出特有的反常症状。
此种病害没有病原物，是由于自身生理功能紊乱引起的，子实体个体间不能互相传染，所以称为生理性病害。它具有发生普遍和危害严重的特征。香菇从营养生长到生殖生长，历时几个月，甚至几年（段木栽培），在漫长的生长发育过程中，无论哪个环节稍不留心，就可能出现不适宜的环境条件，就会引发生理性病害。
这些病害虽然个体间不会传播，但在同一环境条件下，发病率很高，甚至全军覆没，危害非常严重。生理性病害是由于环境因素引起的病害，如果在栽培过程中，对每个环节都认真细致管理，就能有效地预防这类病害的发生，比防治侵染性病害要容易得多，而且还会收到事半功倍的效果。
1.菌种（块）不萌发：
（1）病状：接种后，菌种块久久不能萌发。
（2）发生原因：
①、使用菌种不当。由于菌种在保藏期间日久老化、失水干瘪、冷凝水浸渍或是冷藏后没经活化培养，使其生命力低下，或接种后菌种块不能适应新的环境而死亡。
②、接种块干死。在接种过程中，种块与培养料接触不紧密，菌种块滑落，在干燥的环境条件下干燥而死。
③、接种块浸水死亡。培养基没有晾干，存在水珠，接种块接触水珠浸水窒息死亡，导致菌丝不萌发。
（3）防治方法：
①、精心挑选菌种：接种前，一定要认真挑选菌种，选择菌丝生长健壮，整齐有光泽的优良菌种使用，避免因菌种质量问题而造成不萌发。
②、严守接种程序：严格按照菌种接种操作程序进行接种，冷藏的菌种一定要在接种前放常温下活化处理1～2天再使用。接种操作既要迅速又要无菌。
③、接种块与培养料要紧密接触：接种后，要用工具在种块上轻轻按一下，使种块与培养料紧密接触。
④、保持培养基（料）表面不要有水珠：母种培养基制作后，晾置3～5天，使培养基表面和试管壁上的水珠挥发干燥后，再进行接种。原种、栽培种、栽培菌袋中培养料的水分要适当，灭菌后不要急于出锅，避免过度的冷热刺激，使蒸汽在表面形成水珠。菌袋不要在阳光下照射，否则也会产生水珠。
2.菌丝不吃料：
（1）病状：菌种接种后，菌种块也能萌发，但菌丝不吃料或生长缓慢、纤弱、无力，长势差，菌丝前沿出现较为明显的拮抗线。
（2）发生原因：引起香菇菌丝体生长迟缓的原因很多，主要有以下几个方面：
①、培养料不合适：培养料的配方不合理，配制不科学，如碳氮比不合理、pH值不适当、料内含有松木、杉木等木屑，都能使菌种块不萌发导致“不吃料”。另外，如果培养料过干，菌丝也不能长入培养料内部而造成“不吃料”。
②、菌种老化：在二级菌种和三级菌种的制作过程中，所用的菌种必须是活力强的菌种。如果接入的菌种在不良环境下长期贮藏或培养时间过长，造成菌种衰老，引起生活力降低，也会导致菌丝失去生长能力，引起“不吃料”现象。
③、害虫为害：如果菌种在养菌过程中出现了螨虫、鼠害等咬噬菌块等情况，也会致使菌丝消失。
④、环境因子不适：可能是由于接种后的试管堆放过多，或栽培料堆放过密过紧而导致其内温度过高，抑制了菌丝的正常生长。
（3）防治方法：
①、培养基（料）营养搭配得当：培养基的营养成分搭配合理，要选择科学配方，注意料内不能含有松木、杉木等木屑。还要保证培养料的合理含水量。
②、科学调整pH值：培养料的pH值，对菌丝的正常生长影响非常大。在制作培养基时，按照不同种类食用菌菌丝体生长所需的最适pH值进行调整，灭菌后pH值降到6.0左右，正好适合食用菌菌丝体生长需要，可培育出健壮的菌丝。
③、精调环境因子：按要求调整培养室湿度、温度、空气、光照等环境因子至适宜食用菌菌丝体生长的范围，定期检查接种后是否会堆放发热，并及时排除隐患。
④、菌种在养菌过程中要注意做好防治害虫的工作。
3.菌丝淡化
（1）病状：菌丝淡化表现为菌袋内菌丝生长稀少、纤弱无力，菌袋软绵无弹性。
（2）发生原因：
①、培养料霉变：灭菌前培养料已经发生霉变，杂菌释放的抗霉素浓度过高或因杂菌的活动改变培养料的pH值。
②、培养材料选择不当：如未经脱脂处理的针叶树木屑而导致油脂及萜烯类物质浓度过高，抑制香菇菌丝生长。③过量添加某种化学物质，如硫酸镁等。
④、营养元素缺乏：缺乏某种必需的营养元素，如氮元素。
（3）防治方法：
①、科学调制培养料：选用新鲜、优质、无霉变的培养料，采用合理的培养料配方，不随意添加化学物质。
②、严格灭菌。拌好料后，及时装袋，并严格灭菌，防止酵母菌发酵而改变培养料的pH值。
