香菇是营养价值很高，又极其美味的食物，但是香菇的存放时间不宜太久，要注意正确的保存方法，保存得不好会导致相互里面的营养价值流失掉，甚至会影响到其中的口感，一般香菇只要晒干后保证里面没有水分，不生虫子是可以保存很久的，但是不可以反复冷冻，反复的冷冻会破坏掉里面的营养成分。
避光贮存法 必须避免在强光下贮存香菇，同时也要避免用透光材料包装。
密封贮存法 可用铁罐、陶瓷缸等可密封的容器装贮香菇，容器应内衬食品袋。要尽量少开容器口，有条件的可用抽氧充氮袋装贮。
香菇存放时应确保密封，不要空气接触以免软化，避开高温及日晒处，放在阴凉的地方，用较厚的塑胶袋小包装存放。 受潮再烘干或日晒保存香气及口感。生鲜未烘干之香菇避免沾水，可延长保存期限。将生鲜香菇放入冰箱之冷冻库存放，亦可延长保存期，使用前解冻即可，但不可反复冷冻。
香菇必须在低温通风处贮存，有条件的可把装香菇的容器密封后置于冰箱或冷库中贮存。
香菇含水量高时容易氧化变质，发生霉变。因此，贮存容器内必须放入适量的块状石灰或干木炭等吸湿剂，以防反潮。
新鲜香菇可用透气膜包装后，置于冰箱冷藏，可保鲜一星期左右，或直接冷冻保存。干香菇则应放在密封罐中保存，并最好每个月取出，放置阳光下曝晒一次，可保存半年以上；亦可直接冷藏、冷冻保存，以避免腐败或生虫。
香菇宜放在内衬有防潮纸的铁听或坛、罐内，密封贮存；也可用防潮纸包裹后装进能盖严的大口瓶内，隔绝空气，置于阴凉干燥处，便可经久不变风味。
