(—)非菌种质量引起的纠纷。在食用菌生产实践中，因自然灾害或人为因素造成食用菌产量低或无收、菌丝生产缓慢或者徒长、食用菌品质低劣、产量 下降等，这些都属于非菌种质量事故，主要原因包括：
1.非正常气候。
食用菌属农业范畴之内的行业，所以同其农作物一样有年成之分的，由于非正常气候引起食用菌发育异常，发生病害加重、早衰、不出菇，表现减产、品质差等现象，这样的气候原因包括光照、高温、高湿、冰雹、干旱、霜冻、雨涝等自然因素。也就是说在很大程度上，点种后的成活率受气候的影响而有高低比例之分的，收菇耳时有产量和品质之别的，如有过硬的技术是完全可以应对不利的气候条件的。例如，吉林省某黑木耳生产村种植黑木耳过程中，发现4月份下地的木耳出耳后全部都是大疙瘩耳，耳农们纷纷要求菌种出售单位赔偿其经济损失。而这家菌种出售单位去年同样的品种缺没出现这个现象，所以 对此菌种出售单位有无法说清的苦处。这是什么原因呢？这是因为前期温度偏高，耳芽现的较快，但5月～6月份，吉林省遭遇了长期低温天气，耳农仍按历年的常规方法浇水管理，外界的温度又太低，满足不了黑木耳叶片开展所需的温度条件，而袋内的营养又缓慢输送，导致了耳片不伸展，形成了大疙瘩，这类现象尤其是朵生菊花状黑木耳品种较严重。这就是气候所引起的了，是与菌种质量无关的。
2．栽培管理不当。
食用菌的种植成功好坏是要靠有大量的实践，得与失积累的过硬经验，而不是靠即时的聪明，“聪明反被聪明误”的现象还是大有人在的。有些种植户是去年种植效益好，今年还是同去年一样进行管理、生扳硬套的公式形的想法，不考虑天气气候的变化应改变管理方式，又不同菌种生产单位和行业专家联系，其中还有部分种植户光凭个人经验，无视菌种提供单位的指导，自以为是心态进行管理，而影响菇耳菌棒袋的成活率和产量的高低，造成减产的损失。有些种植户管成这种情况后，总认为是菌种有问题，而与菌种生产单位产生纠纷，或者强行索赔，甚而法庭相见。菌种生产单位为此深感无奈。栽培技术如菇房消毒、培养料的选择与配制、灭菌、接种、发菌管理、出菇管理、采收等各方面因素都有可能造成生长不良、减产或品质下降，这就是说良种如果不与良法(栽培管理技术)相配套，也不能发挥良种的潜力。所以，《种子法》规定，向菌种使用者讲明主要栽培措施、使用条件的说明作为菌种经营者的法定义务。
3．食用菌病虫害。
在食用菌生长期间，很有可能遭受病虫害的危害，其危害程度与外部环境、栽培技术和病虫防治技术有直接关系，如平菇黄菇病除了品种抗病性稍有区别外，更主要的是出菇期受温度、湿度、通风不当影响，细菌传播危害传染造成的。
(二) 菌种原因引起的纠纷。菌种原因诱发的纠纷，主要包括菌种适应性纠纷、假菌种纠纷、劣菌种纠纷和宣传欺骗纠纷。
1．菌种适应性纠纷。食用菌菌种在适宜的生态环境下才能正常生长发育，超出适宜区域就不能正常发育。在菌种非适宜地区推广种植和推广未审定菌种两种情况。有些食用菌对气候反映比较敏感，菌种的种植适宜区非常严格，尽管这些菌种通过了审定，但种植在审定公告的推荐种植区域之外，就会加大菌种的适应性风险。另一种情况是，生产使用未审定菌种，应该规避的菌种适应性风险没有被发现，推广后表现出难以克服的缺陷，引发纠纷。值得注意的是，如果菌种经营者已向菌种使用者明确告知其适用范围，而菌种使用者却偏偏在超出适宜区域外种植，则另当别论。
2．假菌种纠纷。 《菌种法》列举了两种假菌种类型：（一）以非菌种冒充菌种；（二）菌种种类、品种、级别与标签内容不符的。这些假菌种都有可能会给菌种使用者带来财产损害。
3．劣菌种纠纷。《菌种法》列举了三种劣菌种类型：（一）质量低于国家规定的种用标准的；（二）质量低于标签标注指标的；（三）菌种过期、变质的。
生产实践中，菌种纯度不够或出菇率低，是导致纠纷的主要原因。
4．宣传欺骗纠纷。菌种经营者夸大宣传，欺骗菌种的购买者和使用者，误导菇农，或者不向购种菇农如实提供该菌种的特征特性和栽培要点，甚至隐瞒菌种的主要缺陷，更有甚者虚假承诺。一旦菌种使用者发现食用菌生产情况和收益与菌种经营者的宣传和承诺的情况相差悬殊，就容易产生纠纷。在菌种生产上，要严格地按照科学的配方在材料上进行选择，切勿因菌种行情不景气或有利欲薰心的心态而偷工减料，生产出劣质菌种，坑害菇民。(作者MYB转载请注明来源于易菇论坛)