考虑到食用菌生产的特殊性质，及食用菌产业群的性质，很多人希望菇农通过食用菌合作社的方式组织起来。因而，各地都出台了鼓励食用菌专业合作社的法规、政策，但现实中，菇农自己组织起来的食用菌合作社却遇到各种各样的麻烦。例如，《农民专业合作社法》实施两年了，但相关食用菌合作社优惠政策的落实依旧遭遇部门协调难题，这是各地食用菌专业合作社发展过程中普遍存在的现象。
食用菌合作社形成的潜在动力是菇农自发的合作倾向。与城市人口的生产、生活形态大不相同的，每个菇户像企业一样经营，每个菇农就是企业家。他必须仔细地安排食用菌的生产、经营活动。在传统食用菌生产中，菇农就会进行某些合作，比如在种菇时互相帮助。随着现代市场秩序扩展，菇农必须在远距离市场中与来自城市的大型企业打交道。从菇农角度看，其谈判能力较低；从城市企业角度看，与每个菇农打交道成本也太高。因而，这个时候会在城乡之间形成某种组织合作的交易管道，它或者采取一般企业形态，即由专业食用菌产品营销公司收购菇农的产品再向外地出售；或者菇农自己组织起来，一方面降低交易成本，另一方面提高谈判能力。
对于菇农来说，成立食用菌合作社是菇农组织生产活动的最佳形态。具体是不是这样，食用菌生产通过企业形态组织是否可行，这可以讨论。但有一个事实是确定的:不论从历史上还是从理论上看，食用菌合作社从一开始就有别于一般企业。似乎也正是因为这一事实，政府也给予获得注册认可的食用菌合作社以一定的优惠政策，比如减免税收。这些优惠政策，正是由食用菌合作社的性质决定的，因为，合作社毕竟不是一般工商企业。
然而，从目前的情形看，整个社会似乎尚未接受食用菌合作社这种组织形态，人们现在已经很难理解自愿性食用菌合作社的性质。政府各个机关并未充分意识到食用菌合作社作为一种法人组织的特殊性。目前各地在执行食用菌合作社法时，往往没有区分清楚食用菌合作社的性质。
食用菌合作组织是市场经济的产物，它是处于市场竞争不利地位的弱小生产者按照平等原则，在自愿互助的基础上组织起来，通过共同经营，实现改善自身经济利益或经济地位的组织。但在从事食用菌生产、经营的过程中，却遭遇法律不同标准的尴尬地位，食用菌合作社参与市场经济竞争的地位难被认可。
而我国《民法通则》将法人分为企业法人和非企业法人，非企业法人又分为机关法人、事业单位法人和社会团体法人。企业法人是指以营利为目的，独立从事商品生产和经营活动的法人。食用菌合作社非以营利为目的，显然难将其归入企业法人类；与此同时，食用菌合作社不具有公益性，更难将其归入非企业法人类。传统民法学将法人分为公法人和私法人、社团法人和财团法人、公益法人、营利法人和中间法人。但这仅是一种理论上的分类法，在我国不能作为法人登记的直接援用根据和标准。因此，应该修改民法通则，设立食用菌合作社法人的分类，从根本上解决问题。在不突破现行法人分类的前提下，将食用菌合作经济组织作为一种特殊类型的企业对待。参考文献及法规省略【作者myb转载请注明来源于易菇论坛】