(一)栽培周期长
香菇栽培周期约160 天，其中菌丝培养阶段(包括转色)为120 天(培养时间少于120 天，头潮菇畸形率高)，出菇阶段40天(采收2潮，随后几潮，在自然季节时，可置于室外建棚栽培)，是目前所有工厂化栽培菌类中栽培周期最长的。全年复种指数较低，资金周转缓慢的品种。
(二)难以稳定地同步实现菌棒转色
转色是香菇代料栽培的极重要环节，是菌棒表层菌丝内多酚氧化酶氧化“褐变”的结果，在菌棒的表面形成具有一定韧性的褐色菌膜，代替椴木树皮，起保湿作用;否则将出菇困难。
香菇转色需要充足氧气和散射光，自然季节性栽培，菇棚需要有“三分阳，七分阴”，“花花细雨淋得入”，才能制造出褐色的“人造树皮”。在室内进行工厂化周年栽培，难以满足这种转色条件，转色稳定性、同步性相当差。这是香菇工厂化栽培的难点之一。
日本部分工厂化栽培企业也是在适宜的季节里进行工厂化栽培，将生理成熟的菌床置入屋檐下或在室外建棚进行转色，足见光线、氧气对转色的重要性。这种移动式做法也费时，费工。
(三)不定点出菇
香菇出菇不定点、分批次，第一潮菇产量仅占总采收量的25%～33%，明显不同于金针菇、杏鲍菇等的仅一次采收就达到总产量的80%，无法一次性采收结束。采收同等重量菇，香菇所耗工时是金针菇的12倍、杏鲍菇的8倍，企业采收成本高。采用全脱袋栽培模式有时会爆发出菇，出菇数量虽然增加，但菌床营养供应分散，菇盖偏薄、偏小。为了保证鲜菇的品质，使鲜菇直径达到3.5 厘米以上，只能分次采收。
(四)菌床补水困难
香菇菌床培养阶段失水率约1.5%，出菇阶段因不同菌床的表面积不同，失水率不同。而香菇好氧，出菇阶段二氧化碳体积浓度须控制在0.12%以下，所需通风量大，必然增加菌床失水量。国内曾采用涂蜡、保水膜等措施保水，但由于物质残留，食品安全不允许，因此，依然采取注水方式补水。日、韩工厂化栽培采用浸泡工艺，但费时费工。
(五)优质菇和普通鲜菇的售价拉不开
工厂化栽培要依靠电力和设备，我国电费在生产成本中占40%以上，与日本、韩国的低电价相比， 成本过高，所获得的利润低。国内鲜菇的价格低迷，每千克批发价仅在7(冬季)～15 元(夏季)之间波动，平均价格每千克10元，仍占普通消费者可支配收入的2.5%，而日本批发市场的鲜香菇价格相当于每千克70元人民币。国内鲜香菇市场比较饱和，低价才是硬道理。优质香菇与统菇的价位难拉开，降低了香菇工厂化开发的意义。
(六)适度规模尝试性开发
香菇工厂化栽培工艺还没有成熟，还需不断改进，只能够进行适度规模尝试。此外，香菇采收后的后熟发热现象十分严重，在非冷藏情况下，数小时内，品质不断下降。国内现阶段冷链运输不完善，难以保证鲜香菇产品的货架品质。因此，只适合在省会城市周边中高海拔地区进行适度开发性栽培。近期有采用双棚结构，在光伏板下种植香菇的试验取得成功，但只是在栽培季节进行。而一般的光伏园区面积有数百亩(1 亩≈667 平方米)之大，全部种植香菇，木屑资源、劳动力、运输成本、管理成本都是大问题。大面积光伏棚下季节性种香菇，结局必然难能乐观。
五、结语
上述原因特别是企业设备重复利用指数过低，目前技术尚无法做到周年重复流水线生产，投资回收期长，投入产出比偏低，使得企业难以生存。现有已知的所谓香菇工厂化，也多是商业噱头，或仅是菌棒(包)制作中心，集中制作菌棒(包)分散给农户栽培而已，离真正的香菇工厂化栽培有相当大的距离。
