在大棚栽培香菇过程中，菌种制作是一个重要环节，菌种的质量直接关系到香菇产量及质量。
1.制作菌种原种培养基
原种培养基的配方一般为锯木屑80%、石膏粉1%、麸皮18%、蔗糖1%。原种培养基的配方也可以进行一定的调整，其中锯木屑与麸皮的比例不固定，还可添加其他物质，如棉籽壳等，但是石膏粉与蔗糖的比例固定均为1%。在菌种原种培养基制作过程中需要注意：
锯木屑要以阔叶树为主，木屑干燥、无杂质、无腐烂，否则易出现杂菌，影响香菇菌种的出菌量；麸皮要求无虫、新鲜，蔗糖要求先溶于水后再倒入培养基进行均匀搅拌。
2.菌种培养基
菌种培养基配方为马铃薯、葡萄糖、水和琼脂，培养基pH值为5.5～6.0，偏酸，这种培养基也适合多种食用菌的培养。
3.原种及栽培种的培育
原种是用来繁殖栽培种用的菌种。栽培种是由菌种栽培而出的菌种，也被称为二级菌。母菌种可以接5瓶原种，每瓶原种可以接35瓶袋栽培种，在进行菌种培育过程中，需遵循无菌操作并做好灭菌工作，保证菌种质量，以免出现杂菌。
