黑木耳和绿色植物的不同点是没有特殊的吸水器官和蒸腾器官，不过根据黑木耳的生长环境和形态变化，可以发现两种生理现象，其一，黑木耳必须从环境中吸收水分；其二，要消耗大量的水分保持黑木耳和外界的联系，保持细胞中水分的平衡和营养物质的运转，促进黑木耳的生长发育。
水分在黑木耳生命活动中的作用
1、黑木耳的含水量
黑木耳菌丝体的含水量一般达70～80%，子实体的含水量一般达80～90%，有时甚至达90%以上，当然并不是固定不变的，即使在同一环境中，同一种不同的品种，不同的品系，以及不同的发育阶段，它们的含水量也有所变化。
2、水分在黑木耳中的生理功能
水分是黑木耳生命活动的首要条件，黑木耳的一切正常的生命活动都需要在水分相当充足的状态下进行，其含水量的变化直接影响着黑木耳的生理活动，水是黑木耳生命活动中必不可少的物质，它的作用是多方面的，如果菌体细胞缺乏水分将会引起菌丝体的萎缩和子实体的凋萎，使整个机体的生理活动受到阻碍，甚至停止，因此失去了生存的能力。
3、黑木耳的需水量
水在黑木耳的整个生育过程中起着很重要的作用，从菌丝体的生长直到子实体成熟需要大量的水，同时也在不断地散发水分，试验推测，每生产1K木耳，大约需要2K的水。
黑木耳对水分的吸收主要通过菌体全部的表面细胞，从外界环境吸收水分和营养物质来保持其菌体细胞的水分平衡，细胞的吸水包括胶体吸水、渗透性吸水和非渗透性吸水。
影响黑木耳吸水的因素主要有温度、通气量和水质等，温度包括培养料的温度和栽培场所的温度，两者会互相影响，但培养料的温度对吸水影响更大。黑木耳是好气性真菌，生活环境的通气状况与黑木耳细胞的吸水有密切关系。通气良好的环境能促进菌丝体的生长和子实体的发育；通气不良将引起菌丝生长停滞，子实体不易分化和萎缩。在实际生产中，固体培养料太湿，黑木耳菌丝生长停留在表层，不易深入蔓延，其实并非是因为培养基（料）水份过多，而是由于培养基（料）内部的通气性差，防碍了菌丝细胞吸水的原故。水质是指水中矿物质的成份和含量，栽培黑木耳宜用自来水，山间的清水和干净的河水。海水、石炭岩流出的水、盐碱土壤里渗出的水以及锈水田里的水，往往含有大量的矿物质，或是含有对黑木耳有毒害的物质，采用这种水质配制培养基或喷洒正在生长的子实体，会造成培养基（料）中的矿物质浓度过高引起菌丝细胞内渗透压下降，使细胞内的水份往外渗出，导致菌丝生长稀少，子实体的发生很少并萎缩，有的由于中毒引起子实体畸形和腐烂。
黑木耳的水份散失主要靠蒸腾作用，黑木耳没有特殊的排水器官，水分是通过菌丝和子实体的表面细胞逸散体外。黑木耳在菌丝生长阶段也有水分的散失，但主要是依靠子实体表面细胞的蒸腾作用，促进了菌丝的吸水和体内水份的运转。黑木耳蒸腾作用的结果，使整个菌体的代谢活动处于运动状态。首先由于蒸腾作用增强了菌体细胞的吸水，其次蒸腾引起水份在菌体各部位的运转，维持了机体各部位细胞水份达到的饱和状态，这就保持了原生质胶体的正常状态。可见蒸腾作用对黑木耳的生命活动具有十分重要的意义。但是过量的蒸腾作用却是有害的，水份的大量散失，细胞吸水供不应求，细胞内的水份平衡受到破坏，使菌丝处于生理干旱的状态，这种不正常的生理状态如持续比较长的时间，将会引起菌体萎缩而死亡。
水份代谢对黑木耳生产的意义
黑木耳体内细胞水份与外界环境的水份交换，保持了细胞内的水份平衡，同时也加速了对营养物质的吸收和积累，有利于黑木耳的生长发育和提高子实体的产量。实际栽培时，接种之前培养料有足够的含水量，在培养料的营养物质相当充足的条件下，菌丝体生长旺盛，吸收作用增强，同时消耗大量的水份，增强了菌丝细胞的吸水能力，因而造成培养料含水量的减少，一旦含水量降低，进入培养料的空气就增多，又加速了培养料水份的蒸发，此时，虽然限制了对营养物质的吸收和利用，但是细胞的吸水力却增大了，因此应多喷洒水以湿润培养料。喷水量越多（注意：喷水不能超过培养料的最适含水量）子实体的发生量就越多，同时随着子实体的长大，水分的散发量也越大，故应随时补充水份，因此，及时补充适宜的水份是促进子实体发育和提高子实体产量的重要措施。
水份对黑木耳不同发育时期的影响
水份包括黑木耳生活基质的含水量和栽培场所的空气相对湿度，生活基质的含水量除了培养基（料）的含水量之外，还有菌类生长的土壤湿度。相对湿度愈低（即百分率愈低）不饱和度愈大，因而蒸发和蒸腾作用也就愈大，栽培室和生活基质就愈容易干燥；相对湿度愈高，不饱和度愈小，蒸发和蒸腾作用愈小。由于大气湿度的高低是随气温的变化而有差异，因此凡是影响温度的因子都会直接或间接影响湿度的波动。
1、木耳的不同发育阶段对水份的要求
在黑木耳的菌丝生长阶段对水份的要求主要体现在生活基质（培养料）的含水量。一般培养基的含水量在50～65%之间为好。湿度过低，会显著影响后期出耳，但湿度过高，会导致透气性不良，氧气不足，使菌丝生长受到抑制，而在子实体阶段除了生活基质的含水量之外，更重要的是空气相对湿度。最佳的空气相对湿度达85～95%，当空气相对湿度在50%以下菌柱会很快干涸，小耳不能分化；在60～70%，小耳即使能分化，出耳量也少，并不能继续发育成长；在75～95%之间均有小耳大量出现，并能陆续分化；而要以80～85%分化速度最快，耳丛最大。但在相对湿度80～85%，子实体发育较慢，耳肉较薄，质地较硬，在90～95%所分化的小耳，则很快成长为大耳，其耳肉也厚，因此木耳子实体的发育以90%以上的高湿为宜，但湿度也不宜过大，若长期处于95～100%，则又会由于缺氧而抑制其生长，导致子实体腐烂，子实体生长阶段理想的湿度要求应是干湿交替，这样可促进优质高产。
2、水分对菌丝生长的影响
黑木耳在最适含水量的生活基质中，菌丝生长最好，生活基质的含水量太大菌丝的生长会因通气不良，其长势不旺盛，甚至会受到抑制，含水量太小，菌丝生长量不但少，而且细弱。
3、水分对子实体生长的影响
子实体发生量的多少，直接关系到产量的高低，然而，子实体是由菌丝扭结而成的，只有足够的菌丝量，才能生长出较多的子实体。因此，黑木耳生活基质的含水量不仅影响菌丝的生长，并且还会涉及到子实体的产量。
