基料配比营养关：一般生产中，多以棉籽壳、玉米芯等秸秆为原料。但是，所有原料的营养，均以碳素为主，营养成分的缺乏和不合理，根本不能满足食用菌菌丝的生长需要，虽然也能出菇，但长达数月的管理中，产菇量很少。究其原因，基料中尤其缺乏中微量元素，是主要问题，从而导致菌丝不健壮、抗性差，其结果必然是污染重、产量低。因此，配方中加入食用菌三维营养精素，即可使之营养全面、丰富，菌丝健壮、旺盛，具备较高的抗杂抗病能力，才能达到理想的出菇状态。
菇棚消毒杀菌关：时下的发菌或出菇，多在大棚内进行，因此，棚内的消杀，应按照严格、彻底的原则进行，不要心存侥幸。尤其是老菇棚，自身潜伏着大量杂菌、病原菌，很多菇农忙于播种生产，加上防范意识、预防概念的欠缺，往往忽视了对菇棚的消杀处理，结果就会造成大面积污染，有时甚至出现难以挽救的损失。处理办法：将菇棚予以修整，揭掉草苫等覆盖物，修补或更换棚膜后，将800倍辛硫磷随水灌入，然后地毯式喷洒百病傻溶液，密闭菇棚，暴晒2～3天，再重复用药一次，密闭2天后打开通风，地面撒布石灰粉，之后即可将播种后的菌袋移入进行发菌。
熟料接种操作关：熟料接种的要求是规范操作。传统做法是使用高锰酸钾甲醛或烟雾剂进行熏蒸处理后，再进行接种操作，一方面使得接种人员深受药物之害，尤其甲醛是一种可致癌物质，并且残效期较长、残留量较大，按照绿色食品的相关规定，食用菌中应禁止使用；另一方面，药物的刺激、接种箱内的不方便操作和劳动强度大，使得工作人员十分疲惫，长时间操作就难免松懈、不规范，故使得污染率居高不下。笔者使用“食用菌接种净化机”进行接种操作，开机10分钟后，即可在机器发出的微风中接种，对人体无害，而且防杂效果好，接种成功率高，使接种操作变得轻松自如。
发菌期间病虫关：尽管前期已经对菇棚进行了彻底消杀，但在发菌期间，管理人员的进出、不断的通风等等，势必会有新的杂菌病原菌进到棚内，因此发生污染的危险依然存在。所以，预防工作不能稍有松懈。一般可使用百病去无踪或赛百09预防和抑杀病菌，氯氰菊酯杀灭虫类，主要用药方向是墙体、地面以及通风口、门口等处，空中可予少量喷雾。
出菇期间预防关：整个发菌期间，除坚持药物预防外，尚应密切观察杂菌病害的“动向”，发现初始污染或病害症状，立即予以彻底处理。方法是：使用百病傻等药液涂刷污染斑块，或者直接对污染处撒施药粉，即可将病原彻底杀灭。对污染菌袋实行药物处理以后，轻者可继续出菇，污染严重者，在杀灭杂菌后，经过处理可作为有机肥料下地。
