1．以欧美草腐菌为主导的食用菌工厂化生产模式
其特点是专业化分工、大型机械化生产、自动化及智能化控制，采用三次发酵技术，投入高，产量高，质量稳定，品种专一，主要栽培的是双孢菇、棕色蘑菇等草腐性菌。
欧美发达国家在双孢菇的生产上已基本实现了全过程工厂化，从拌料、堆肥、发酵、接种、覆土、喷水、采菇及清床等生产环节均已实现食用菌工厂化生产工艺的机械化，同时，又在温、光、水、气、肥等主要生态因子综合控制的基础上，随着信息高新技术在产业中的快速渗透，逐步发展远程控制、生理检测及在线咨询等更先进的集成技术手段，实现了双孢菇周年化均衡生产和市场供给，并朝着自动化、智能化、优质化、精细化的方向更完善发展。
例如：荷兰的奥特多尔萨姆堆肥生产合作社，有5万 m2的双孢菇培养料发酵基地，每7 d产5 t发酵后的培养料，不仅供国内使用，还向国外出口；英国的双孢菇栽培业，其生产模式是一个集中和分散相结合的产业发展模式，被称为“卫星模式”，BVB Euroveen 公司专业从事双孢菇覆土材料的营养配制、生产销售；美国Sylvan公司已在全球建立了十几家双孢菇菌种生产连锁公司，并且其双孢菇栽培示范中心“昆喜”，采用三区制的栽培方式，年利润可以达到2 670万美元；美国的康乃狄克州弗兰克林菇场1991年双孢菇产量达到1.23万t，覆盖几个州的销售；法国的索梅塞尔公司是当今专业化、企业化最高的公司，年生产菌种1万t，畅销50多个国家。工业化生产带来了优质、高产、高效，1 m2双孢菇产量高达30～35 kg，一年可种植6次，并且分工精细，原材料生产标准化，覆土材料生产和栽培出菇实现专业化，菌种生产也实行登记检验制度化。
2．以日韩木腐菌为主导的食用菌工厂化生产模式
其特点是专业化分工，机械化、自动化生产，效率高。工厂化机器设备体型较小，具有多功能性，适合于多种木腐菌类的工厂化应用。木腐菌的工厂化生产相对草腐菌来说，生产环境卫生，栽培品种多样，生产工艺大同小异。目前主要以生产白色金针菇、杏鲍菇为主。
从20世纪60年代开始，由接种车间、菌丝培养车间、催蕾车间、生长车间、包装车间和库房构成的标准菇房在日本得到普遍推广。日本拥有北研株式会社、森产业株式会社和食用菌中心等三大著名研究机构，其核酸分析、单孢分离、生化检测分析仪、菌种超低温速冻贮藏及超净封闭人工气候培养室等设备均为国际先进水平，并配有国内一流的专家从事研究工作。食用菌菌种由专门企业提供，工厂化生产能力和环境控制水平较高，已普遍使用液体菌种，实现了工厂化生产。液体菌种具有繁种快、成本低、发菌短、出菇整齐的优点，但投入大、技术难度高。之后韩国仿效日本技术，也实现了食用菌机械化生产，生产场规模较大，工厂化设施栽培在国际上处于领先水平。韩国最大的金针菇生产场——大兴农场日产量达到了10万瓶，栽培场以计算机智能控制菇房，整个生产过程按一定程序进行，仅在少量环节加以人工辅助操作。韩国工厂化生产的菌种包括金针菇、杏鲍菇、小平菇等都已基本实现了液体菌种培养，每个菇场都采用自制的菌种。日本和韩国已普遍采用大口径瓶栽技术，一般采用容积1100～1400 ml，口径75～82 mm的专用聚丙烯塑料栽培瓶栽培白色金针菇和杏鲍菇，工艺装备也不断提高，如装瓶机从4000瓶/h提高到12000瓶/h，液体接种机也从4头接种发展到16头接种，从而大大提高生产效率。目前日本、韩国工厂化大口径瓶栽技术已逐渐取代袋栽技术。
3．中国式食用菌工厂化生产模式
其特点是土洋结合、半机械化生产、半自动化控制、产量和质量稳定、资金投入相对较少、回报率高，适合中国国情。栽培品种具有多样化，既工厂化栽培草腐菌中的双孢菇、褐色双孢菇、草菇、鸡腿菇，又栽培木腐菌中的白色金针菇、杏鲍菇、白灵菇、真姬菇（蟹味菇）。目前我国工厂化栽培以袋栽为主，瓶栽为辅。瓶栽主要以小口径瓶栽为主，一般采用容积850～1000 ml，口径58～65 mm的专用聚丙烯塑料栽培瓶栽培白色金针菇、杏鲍菇、真姬菇。国内主要采用固体菌种，很少采用液体菌种，仅有上海浦东天厨菇业有限公司等极少数经济实力雄厚的大公司采用液体菌种。
20世纪80年代山东九发食用菌股份有限公司从美国引进了双孢蘑菇工业化生产线，并运营成功；上海浦东天厨菇业有限公司借鉴国外先进经验，在中国率先建立了金针菇工厂化生产基地；上海丰科生物技术有限公司、北京天吉龙食用菌公司采用引进设备和自创技术相结合，先后建立了日产4～6 t的金针菇、真姬菇生产基地；辽宁阜新王彦令先生创建的田园公司，成功地实现了褐色双孢菇工厂化生产，其日产7～8 t，全部出口创汇；北京金信食用菌有限公司1997年创立了白灵菇工厂化栽培模式；福建农林大学谢宝贵教授在福建泉州，2002年成功地创建了中小型南方模式的白色金针菇工厂化栽培，并在福建闽南地区迅速推广；山西农业大学常明昌教授创建的山西鼎昌农业科技有限公司，2005年在山西太谷创立了中小型北方模式的白色金针菇工厂化栽培，并在山西迅速推广；江苏连云港国鑫医药设备有限公司等对欧美、日等发达国家的食用菌机械化生产技术与装备进行消化吸收，并结合我国生产实际率先对关键技术装备进行了国产化研发，将用于医疗药用配套的脉动式真空高压蒸气灭菌技术移植于食用菌生产，开发出价格性能优于国外同类产品的大型灭菌设备。
近十几年来，我国在消化吸收日本、韩国等先进技术的基础上，相继研制出了食用菌生产和加工关键环节的一些相关设备，特别是福建、江苏的食用菌机械设备生产厂家，对推进食用菌生产机械化、工厂化和规模化发挥了积极作用。国内食用菌设备的生产还处于比较低的水平，原有的一些食用菌生产设备企业，由于自身技术力量薄弱，只能生产一些简单设备，如小型装袋机、简易搅拌机等单机，自动化程度低、成套性差、生产效率低、劳动强度大，难以满足工业化、产业化大规模生产的要求。总的来看，我国食用菌生产机械化，无论是研究开发还是生产应用均处于起步和发展阶段，与国际先进水平相比差距较大。因此，我国中小型工厂化生产食用菌一般采用国内组装配套的设备，而大型工厂化生产食用菌一般引进日本和韩国的设备。（常明昌主编《食用菌栽培》第二版 2009年中国农业出版社出版）
