1.及时清理料面，采收后及时清除料面残留的菇脚和小菇，剔除老菌丝，进行搔菌。
2.含水量要合适：袋栽金针菇培养科的含水量65%~70%，才能保证正常生长及后期顺利转潮，培养科较平时可在袋内加入清水，2~4小时后倒出多余的水分，一般每袋补水50~100毫升。
3.合理调控温度：金针菇原基形成最适温度为13℃～15℃，如气温偏高，在菇房空闲地喷水，通风降温、气温偏低可喷热水或给菇房加温。
4.适当通风除湿：在出菇阶段为收到盖小、柄长、色浅、肥嫩的优质金针菇，在菌袋上覆盖一层地膜，从保湿度，创造一个二氧化碳浓度较高的微环境。但高湿度，高二氧化碳浓度不利于重新催蕾，可在早晚揭膜通风。
5.给予微弱的散射光：在微弱射光环境条件下易形成较多菇原基，管理上采取“三分阳，七分阴”，加快菇原基的分化，形成菇蕾。
6.谨防四周出菇：四周出菇会影响转潮，可在培养科中加入20%的杂木屑。可防止四周出菇，还能促进菇原基的形成。
7.翻转掉头出菇：第二潮菇采摘后，掉头在另一端出菇，可使转潮加快，产量也较高。
8.预防病虫害和补充营养液：清洁菇房环境远离杂菌源，通风口设网纱防虫。定期喷0.2%石灰液。有虫害的可用10%敌百虫或2000倍的敌敌畏喷雾。采摘后期可在菌袋中注入1000倍的恩肥营养液，不但能提高产量，还能刺激菇原基形成。
