1、菇蕾难以分化：主要问题有二：第一，棚温偏低，不适合幼蕾发育分化，可以通过提高棚温解决。第二，药物影响。有的菇农使用大量农药拌料，发菌期间也喷洒农药防止病害发生，结果使得菌袋内废气重，甚至抑制菌丝发生。处理方法：将料面破坏后，喷施6%石灰水溶液，每天2次，连喷2~3天，静养发菌，再次现蕾时即可正常管理。如果使用的药物浓度较高，则需采取石灰水浸泡菌袋的办法予以解决。
2、幼菇生长速度慢：主要是棚温过低，或者所选菌株不适合低温期栽培。处理方法：提高棚温。第一，安装大棚水温空调器，温度可随意调节，即使选用了中高温型菌株，也能正常出菇；第二，安装土暖气，注意烟囱要通畅，并保持足量的进风，以免棚内氧气不足；第三，在棚内顶部设黑色塑料薄膜或高密度遮阳网，卷起草苫，棚内进热但不进光，采用这种方法雨雪天气无法增温。有低压炉的栽培户，可将“小白龙”在棚内靠墙安放一圈，最后接到锅炉上，烧开后的蒸汽源源不断的输送到塑管，给菇棚加温，效果很好。如果是中高温型菌株，又无力升温，则可降温、降湿，待气温回升时再行出菇。
3、气生菌丝旺盛：主要原因是碳氮比失调、氮素过多。处理方法：对料面喷洒浓度为5%的石灰水，或者用石灰水浸泡菌袋，分解氮素，使之尽快达到可同化的水平，同时加强通风，使气生菌丝尽快倒伏，纽结现蕾。以后注意调配基料营养，使之全面均衡，尤其要加入三维精素。另外，碳氮比失调还会造成厚菌皮。
4、不出菇：主要原因除基料营养不均衡和碳氮比例失调以外，还有菌株的温型不符合现阶段温度等原因。此外，基料中含有不明物质，尤其是农药，会抑制菌丝发生，导致不出菇。处理方法参考上述使用石灰水进行处理。
5、子实体基部有“菌毛”：子实体基部有“菌毛”发生，菇品显得不周正，商品质量低下主要原因是基部有“菌毛”，就是白色的菌丝，有的是因为通气不良、湿度较高，食用菌长出气生菌丝；有的是真菌感染，前期表现为菌丝状，温度上升后发展为病害，如褐腐病等即为该种表现。处理方法：清理料面后喷洒“百病傻”400倍液，降低湿度，观察1周不再发展即可转为正常管理。
6、菌盖毛刺：菌盖毛刺即菌盖上出现一些疙疙瘩瘩的菌肉组织，很是影响菇品质量，主要原因是棚温低，或菌株不是真正的低温型，如2006等菌株，即使0℃以下也不会发生毛刺等畸形菇，这才是真正的低温菌株。处理方法：增温保温。
7、菜花疙瘩、粗菌柄：前者是菇蕾不分化，后者是菌盖组织不分化，原因是棚内二氧化碳浓度高、氧气不足所致。处理方法：强化通风。
8、菌盖上翘喇叭：原因有药物作用、通气不良、菌株种性退化或菌株的温型与该时段条件不符合。处理方法：应在晴好天气的中午时段进行通风；种性退化则无法可治，菌株温型不适合该季节，可采取升高棚温的办法解决。
9、厚菌皮：厚菌皮其原因与上相同，只是发生时间更长而已。
