金针菇为好气性真菌，在代谢过程中需要不断吸收新鲜空气。金针菇在催蕾期和子实体生长前期需要消耗大量的氧气，特别是在大量栽培时，当空气中二氧化碳浓度超过0.6％，子实体和菌盖的发育就会受到抑制。但在子实体长到4厘米高时，则需要控制菇棚内的氧气含量，此后若菇棚内氧气含量较高，金针菇菇柄短，菇帽容易开伞。
金针菇催蕾期和子实体生长前期要补氧每天将菌袋外覆盖的薄膜揭开，并在早晨和傍晚打开棚室前后通风口，通风1小时，然后将菌袋外的薄膜盖严保湿，关闭棚室前后的通风口。这样既可以补氧，又可以使菇棚内保持较高的湿度，有利于催蕾和子实体发育。
子实体迅速发育期要控氧：为保持菇房内空气新鲜，棚室前后通风口可全天开放。为降低子实体周围的氧气含量，菌袋外覆盖的薄膜要盖严，但需在早晨和傍晚各通风一次，排出菌袋附近的有害气体，时间为10分钟左右。
