1、菌袋污染
菌袋污染是杏鲍菇栽培中最常见的一个问题，菌袋污染会导致杏鲍菇受到杂菌干扰，影响正常生长，导致种植效益下降。导致菌袋污染的主要原因是由于灭菌工作不到位，在拌料的时候没有将浇足水，导致料中生心，然后在灭菌的时候没有将空气排净，导致灭菌锅中有冷气存在，热循环受阻。或者是灭菌时间不足等都会导致菌袋污染。
2、菌丝生长缓慢
菌丝生长缓慢会延长杏鲍菇的生长周期，导致产量下降，影响种植效益。导致菌丝生长缓慢可能是由于菌种活力差，因此我们在种植的时候一定要注意选好菌种。然后在栽培的时候注意菌袋装料的松紧及含水量，保证有充足氧气，氧气不足也是导致菌丝生长缓慢的主要原因。最后在发菌的时候要注意温度，保持在20度以上，通透性过差或者是PH值不适都是导致菌丝生长缓慢的原因。
3、畸形菇
畸形菇也是一种比较常见的问题，畸形菇会严重影响杏鲍菇的外观，降低甚至是导致杏鲍菇失去商品价值。主要是由于在灭菌的时候挤压菌袋，导致菌袋变形，产生缝隙，然后由于温度不适、光照过多及各种人为原因导致侧面菌丝形成原基，发育成子实体。发现畸形菇之后要及时捏压菇蕾，防止继续生长，避免消耗更多营养。
4、子实体过小
杏鲍菇子实体小会严重降低产量，影响种植效益，导致杏鲍菇子实体小的原因主要是因为没有及时疏蕾。在杏鲍菇原基分化后，会在菌袋侧面长出菇蕾，不过又因为没有充足的营养及生长空间，导致这些菇蕾无法继续生长。但是会继续消耗营养，导致子实体营养不足，而无法膨大。因此我们在栽培的时候一定要及时疏蕾，防止营养消耗过多，影响子实体的生长。
5、菌丝旺长
菌丝旺长对杏鲍菇会造成较大的危害，影响子实体的生长，菌丝旺长后，子实体会在逐渐萎缩，严重的时候子实体黄化死亡。菌丝旺长主要是由于在出菇的时候温度不适所导致的，温度突然升高使杏鲍菇无法及时适应，为菌丝生长提供了条件。然后在养分充足的情况下，菌丝的营养水分吸收增加，甚至会导致子实体营养流向菌丝，导致菌丝旺长，子实体死亡，因此我们要控制好菇棚温度，防止菌丝旺长。
