一、温度
从菌丝的生长来说，各种食用菌的菌丝皆在25℃上下时生长最好。温度上升，菌丝生长虽快，但很虚弱，超过上限温度，则菌丝休眠，甚至死亡。若温度下降，菌丝生长虽强健，但十分缓慢，低于0℃，菌丝休眠。
从子实体的生长来说，可以分为两种情况。第一种情况是对于高温型菌来说。在自然界中，其子实体在夏季发生，即从6月到9月，例如草菇、黑木耳、银耳、松口蘑和竹荪等。其中草菇对温度的要求最高，必须昼夜高温，生长才好。第二种情况是对于低温型菌来说。在自然界中，其子实体在秋、冬、春三季发生，即从10月到来年5月。例如香菇、蘑菇、平菇、猴头和金针菇等。其中尤以香菇最耐寒，在雪下段木上生长的香菇，品质最为上等，其商品名叫“花菇”。
人工栽培时，高温型菌类能在春、秋，利用温室、大棚、中棚、小拱棚、温床和阳畦等设施来栽培，延长其供应期。低温型菌类则可以利用地道、山洞、地下室和半地下室等地方，在夏天进行生产。此外，人工制种时，也能定向选种和培育新品种，以适应不同的温度。例如平菇就选出了高温型、中温型和低温型的新品种，能抗热和抗寒，使平菇在一年四季都可生产。在低温型菌类中，例如香菇、蘑菇和平菇等，其菌丝体转化为子实体原基时，都需要降低温度，以促使原基的形成。凡具有这种性质的菌类，叫做变温结实型菌。反之，有些高温型菌，其菌丝体转化为子实体原基，无需温度变化，例如草菇、黑木耳和银耳等，所以叫做恒温结实型菌。
二、水分
菌丝在培养料里生长，以培养料含水为60%时最适宜。也就是在调制培养料时，每40公斤干料，加水60公斤，搅拌均匀。过1~2小时，使干料吃透水分，然后行简单的测试。最常用的测试方法，是用手抓一把拌好的培养料用力紧握，以水从指缝中挤出，但不滴下来为最适宜。若有水滴下来，就表示水分过多，料中空气就太少，菌丝不能生长，甚至腐烂。若挤不出水来，就证明水分不够，菌丝太干，也不能生长。
三、空气湿度和光线
食用菌要求阴湿的环境，较高的空气湿度。菌丝生长时期，以空气湿度为70%~85%为适宜。子实体生长时期，则以85%~95%为适宜。菌丝的生长，是靠分解现成的有机质养分，所以不用光线，在黑暗中就能进行。而子实体生长时，则要求有微弱的光线。尤其是在菌丝体转变为子实体原基时，需要有光线的刺激。在众多食用菌中，黑木耳要求光线最强，子实体原基的发生和开片生长都要求较强的光线。而蘑菇则不需光线，其原基的出现和子实体生长，都能在黑暗中进行。
四、空气
菌丝分解有机质养分，实际上与动物一样，是在不断地进行呼吸作用，吸入氧气而排出二氧化碳。如果菇房通风不良，氧气供应不足，二氧化碳累积起来，一旦达到菇房内空气的1%，就有抑制子实体生长的作用；一旦累积到5%，则子实体不发生，已发生的也不能生长。此外，培养料本身发酵，也产生二氧化碳、阿摩尼亚气和硫化氢气等，这些毒气都能杀死菌丝。在自然界中，这些毒气随时散入大气中，或被雨水冲洗，不会造成危害。人工栽培时，必须加强菇房的通风和消毒，随时除去这些毒气。
五、酸碱度
在自然界中，菌丝长期适应了其腐生物质的酸碱度，所以有一定的范围要求。例如腐生在粪草上的，以中性偏碱为宜；腐生在林木上的，则以中性偏酸为宜。人工栽培时，可将培养料调节到中性，微酸和微碱都相宜。在菌丝分解有机质过程中，会不断地产生酸性物质，例如二氧化碳和有机酸等，使培养料变酸。
在自然界中，这些酸性物质也随时扩散到大气中，或被雨水冲洗，使其酸碱度不变。但在人工栽培时，这些酸性物质容易累积在培养料中，使培养料的酸性增大。酸性越大，菌丝生长越不良，且病菌和其它杂菌发生也越多，从而导致菌丝无法生长。所以在调制培养料时，要多加石灰和石膏，将培养料预先调节到微碱性，以便中和菌丝生长期间产生的酸性物质，防止过度酸化。
