食用菌的形态结构一般为真菌杏能，菌丝体和菌丝体的直径为10～20pm，这种细丝叫做菌丝体，通常是圆柱形的，菌丝体由众多的菌核组成，利用横膈膜将食用菌菌丝体分为单核、双核和多核，细胞结构，右旋糖酐、甘露糖和婴儿血浆的成分，随着人们对几丁质的认识，食用菌主要由d半乳糖组成，担子菌亚门真菌细胞壁儿丁质的主要成分是岩藻糖，细胞膜中含有表L，菌丝的构造菌丝的细胞结构为细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核，细胞壁的也是得越来越重要，不同的真菌其细胞壁的元了质朱同，字囊菌亚门真菌细胞壁几丁质的主角甾醇，是目前研究防止真菌性疾病的靶点，大多数食用菌含有1～2个核，细胞内含有2个核的菌丝称为双核菌丝，细胞核菌丝细胞的生长是通过锁状连接结构实现的，锁状连接是双核菌丝体分裂的形式，存在于香菇和黑木耳等担子菌中。
它发生在两个细胞核之间的细胞壁的一侧，形成一组钩状突起，不断向原细胞弯曲，b的两个核中的一个进入钩突部，此时，细胞的两个核同时进行有丝分裂，形成A核和BB核，一个核B留在钩突，另一个核B进入顶部，母核A分裂成A和A后，一个核A沿着新细胞生长的方向向上移动，与一个核B协调，突起向下弯曲，与菌丝接触，细胞壁溶解，突起与菌丝连接原细胞，然后突出的b核进入原核的后半部分，并与原核a相邻，然后，在细胞的中间和钩突的对侧，它们呈不同的形状，这样一个母细胞形成两个双核（异核）子细胞，细胞核为a和b，在两个细胞的横膈膜处，仍有下一个明显的突起，即锁骨突起，食用菌的主体，它的主要功能是分解矩阵和矩阵，营养素的摄入。
一些食用菌菌丝体形成特殊的组织和器官，即当菌丝体在生长发育过程中遇到不利的环境而进行繁殖时，它们往往紧密结合，形成一些特殊的变形结构，如菌丝束、菌索、scle等，轮菌、菌根真菌、菌膜等菌丝束较大，菌丝体平行排列，形成白色、粗糙、微分枝的束状组织，鲍鱼蘑菇的白色粗丝束，代表着基质菌丝体中营养物质和水分的及时、有力的运输，是生产管理中值得注意的指标，由紧密交织的菌丝体形成的一层膜，例如香菇三级品系或栽培块表面有一层菌膜，初期为白色，后期为褐色，变色过程是经验丰富的菇农判断栽培过程的重要步骤，木本科栽培的各种食用菌的老树皮木质部通常形成一层菌膜，菌核是由一些食用菌形成的，在长期发育的某一阶段或在恶劣的环境条件下，它会扭曲在一起，形成一种紧密的假薄壁组织，形成球形、块状或颗粒状组织，即菌核。
菌核的内部结构可分为皮层和髓质两层，典型的菌核是硬的，皮质是凹凸不平的。菌丝体紧密扭曲，壳质，多数为棕色至黑褐色，细胞小，细胞壁厚，髓质为白色或粉红色，髓质通常含有较多的营养物质，细胞壁较薄，类似于植物的薄壁组织，菌核在许多子囊菌和担子菌中形成，是食用菌的休眠类群，当环境适宜时，可萌发为营养菌丝体或子实体，例如，茯苓、荔湾、麦角菌和猪苓的药用部位就是它们的菌核，在-30℃的严冬中，地下马铃薯大小的菌核能够顺利越冬，菌核能够抵御高温、低温、干旱等不利条件，一些食用菌的菌丝体常缠绕成鞋带状或绳状结构，称为菌类，颜色为白色、棕色或深棕色，厚度不长不短。
首先，通常有分枝，它们以网状或根状的形式相互连接，例如蜜环菌有根际真菌，从根际真菌的横切面来看，其内部结构可分为皮层和髓质两层，皮层是由几层厚壁的小暗细胞组成的致密细丝，髓质由薄壁菌丝细胞组成，真菌索的表面通常是角化的，在不利的环境中可以保持休眠，当条件适宜时，可从生长点恢复生长，发育到一定阶段形成子实体，营养菌丝常生长在子实体内或子实体上方，也是繁殖体的一部分，有柱状、棒状、头状等，如冬虫夏草。
