菌种质量优劣直接关系到栽培效益的高低与成败，因此掌握菌种质量标准，学会鉴别菌种质量对广大栽培户来说十分重要。
一、蘑菇。菌丝灰白、微带蓝色、细绒状、贴生菌丝上下分布均匀，无扇形变异，没有黄白色菌皮，具有特有的菇香。培养料中菌丝呈细浅状或束状，菌丝呈淡黄色，萎缩或看不到菌丝，内容物呈糊状为水分过多或菌种老化；基质上部菌丝干缩、下部菌丝生长尚好，为培养基过干、培养温度过高所致，瓶上部菌被过厚是老化或生产性能差的菌种；瓶内出现白色、浅黄色结块或有绿色、黄色、黑色或桔红色等各种霉菌菌落和害虫者，均予以淘汰。
二、香菇。菌丝洁白呈棉毛状，生长均匀具特有香味，无厚菌被，易形成原基，抗病虫害者为优良菌种。瓶内菌丝稀疏，可见木屑颗粒，为培养时间不足或基质氮源少，瓶内菌丝脱落、萎缩，蓖被变褐为菌种过老应尽快使用。
三、平菇。菌丝浓密、洁白、粗壮呈棉毛状，有爬壁现象。如菌丝稀疏或呈束状，为培养基过湿；菌丝生长缓慢或不向下生长，为培养基过干；瓶袋内出现大量原基，为菌龄过老；菌丝脱壁、萎缩，基部有黄色积液，为老龄菌种，表面或瓶壁出现霉菌斑、拮抗线、湿斑都是污染菌种。
四、木耳。菌丝洁白，粗壮有力，生长较快，整齐均匀，为性状良好菌种；培养一段时间后，瓶壁出现菊花状胶质原基，褐色或黑褐色，为正常现象。若菌丝稀疏，可见培养基颗粒，同香菇菌种的原因类似，在菌丝满瓶之前出现原基，说明生理成熟过度，或转管次数多；基部有淡黄色积液为过老菌种；菌丝只限于某一角落生长，不再蔓延者与培养料湿度有关。
五、银耳。银耳菌丝与香灰菌丝比例适当，在培养基上形成“白毛团”或胶质的耳基，瓶内香灰丝生长健壮、均匀，并能产生黑斑，后期在耳基下呈束状分布，无其它杂斑，银耳菌丝吃料深，在耳基下分布较厚，白毛团旺盛，耳基大，则为优良菌种。如白毛团较小，易胶质化，说明菌种已老化；香灰菌稀疏，不深入基质，子实体呈胶团或胶刺状，不开片，为培养基过湿；表面菌丝隐褪，耳基发红，并有红褐色积液与螨类污染有关；培养基表面有一层很薄菌膜，下部仍有银耳原基，说明菌种不纯。
