食用菌病虫害的防治应遵循“预防为主，综合防治”的植保工作方针，利用农业化学、物理、生物等进行综合技术防治。以选用抗病虫品种，合理的栽培管理措施为基础，从整个菇类的栽培布局出发，选择一些经济有效，切实可行的防治方法，取长补短，相互配合，综合利用，组成一个较完整的有机的防治系统， 以达到降低或控制病虫害的目的，把其危害损失压低在经济允许的指标以下， 以促进食用菌健壮生长，高产优质，食用菌病虫害的综合防治应做好以下几方面环节：
一、搞好环境卫生，堵绝虫源、菌源。
1、接种室、培养室要有专人负责打扫、消毒、定期检查 、发现有污染的菌种立即处理，不可随地乱丢。
2、发菌房、栽培房要预先彻底消毒。
3、发现病菇 、虫菇要及时除去 ，采下的病菇 、虫菇要集中毁或深埋，不可丢在菇房边。
二、提高栽培管理技术水平
1、选用纯正、抗虫、抗病和菌龄适宜的菌种，适时某种 ，以保证接种后恢复生长快，生长健壮，抗病虫能力强。
2、选用优质、无霉变、无虫蛀的栽培材料，培养料配比要合理，并进行严格的灭菌、杀虫。
3、接种应严格按照无菌操作规程， 提高成品率 ， 既可降低成本，又可减少病虫源。
4、根据食用菌的特性进行科学管理，创造适宜的温 、湿及通风条件，尽量使环境条件对食用菌生长发育有利，对病虫害的发展蔓延不利。
5、在栽培管理过程中要经常地、认真细致地进行检查 ，一旦发现病虫害，就要及时采取措施进行防治控制，防止扩散蔓延。
三、药剂防治
食用菌上不提倡合作药剂，尤其是在出菇期，食用菌栽培周期短，且直接食用，农药极易残留在子实体内。在栽培过程中，必须使用农药时应注意，以下几点：
1、严禁合作剧毒农药，对残效期长，不易分解及有刺激性气味的农药，不能直接用于菌床或菌袋上。
2、尽量选用高效、低毒、低残留、对人畜和食用菌无害的药剂，并掌握适当的浓度，适期进行防治。
四、生物防治
从理论上讲，食用菌病虫害采用生物防治是最理想的，由于它不污染环境，没有残毒、食用菌的生产场所范围小，人工容易控制，更有利于生物防治技术的应用。 但由于食用菌生产周期短、困难较大。 目前，有用农用抗菌素防治细菌性病毒，应用增菌提高食用菌的抗病性、产量和品质，用寄生性线虫来防治蚤蝇、瘿蚊和眼菌蚊等。生物防治技术在未来的食用菌病虫害防治中有广泛的应用前景。
