目前食用菌领域治疗病害的药很多，什么治疗黄菇病的黄斑消、黄腐消等，治疗绿霉病的绿霉净、绿霉霸等。 在食用菌病害的治疗中，往往是有这样的情况，当发现菇得病以后，施了不少药物，花了不少钱，用去不少时间，但菇的病情仍不见好转，或是甚至日趋严重，最后造成经济上的严重损失，原因何在？根据笔者的观察分析，其原因是：
一、诊断不准确。在食用菌病害诊断时，往往由于工作上疏忽，或是知识的不足或是理论知识的贫乏，或是由于设备和条件的制约，未能准确地诊断出食用菌是何种病害，引致在食用菌病害治疗中首先对病害的诊断不准确，因而，引致治疗上的失败。
二、用药失误。用药失误的情况比较常见，其表现有二个方面；１、选错药物。由于受药物使用知识的局限，在作出正确诊断以后，未能选择出高效、安全、低毒的药物。甚至因用药不当而引发别的病来。２、用药方法错误。 按照常规用药，应有一定的疗程、次数和份量，要注意配伍合理科学。在实际治疗中，往往乱投药，或单纯考虑成本的降低的想法，
所以用药疗程不足，往往是用药１—２次未见转好，就又换用其它药，或是每天只用上用药一次，导致药物在机体内浓度的含量不高或不足以维持相应时间而不能把病源杀灭，有的甚至不考虑药物的配伍禁忌，只是随意相加，形成了药效降低或根本就是失败，或产生毒性。
三、病源的变异。有些食用菌病害，由于时间长了，用药次数和品种多了致使病源对药物产生了耐药性。由于这样，当重复使用相同的药物或剂量时，则肯定效果不明显。
四、多种感染。在实际生产中，往往是由一种以上病源在一批菌中同时致病，所以同时有多个疾病出现，当在诊断和治疗中，若只注意一种病而忽视了其它病的诊断和治疗，也会同时导致治疗上的最终失败。
五、忽略对环境的净化。在食用菌病害的治疗中，不少种菇户只注意药物的治疗，但却忽视了对环境净化工作，诸如菇舍及菇舍四周的环境清洁卫生和消毒，因而导致菇体内的病原被杀灭了，但菇体外的病原依然存在，所以菇病往往“卷土重来”。
六、忽视食用菌菌丝及菇体的内在改善。一些种菇户往往只重视如何使用药物治疗食用菌病害，忽视食用菌菌丝及菇体的内在改善。这也是往往久治不愈或导致失败的原因。每当食用菌发病后，由于菌丝活性下降，子实体抗逆性差，营养吸取量不足或是药物副作用的影响食用菌机体下降，致使抗病能力减弱，而延长了治疗时间或是治疗失效，所以，必要时应当重视食用菌菌丝及菇体的内在改善。
七、忽视种菇环境的改善。在许多种菇户中，对食用菌生产环境如何却不十分重视，往往表现出菇舍不单是不清洁卫生，且地面过于潮湿，空气污浊，环境中杂菌基数过高导致食用菌各种病害发生。类似此况，若不改善生产环境，只凭药物治疗，其治疗效果也不会明显，或不能长久地维持。
八、某些厂家的误导。目前，许多菌药生产厂家，高为达到某种商业目的，在药物包装上多不标明药物成份和含量，只说明用途和用法及用量，这往往导致种菇者在药物选择时会重复用药。有的厂家为了牟取效益，在说明书和宣传资料中哗众取宠，迎合一些种菇者心理，夸大和稀释数量，甚至是制造假、伪、劣产品，使种菇户用后收不到预期效果。