（一）接种后料面上和菌块上出现绿霉：
1、接种不严密，无菌操作规程失误所致。
2、菌种本身污染。
3、培养环境不适，高温、高湿通风差。
4、环境污染严重，老菇房未严格消毒，或靠近污染源。
5、封口不严或棉塞受潮。
（二）接种后既不长杂菌，菌种也不长：
1、原料处理不当，没有进行干晒，由各种微生物活动产生的有毒的化学毒素存在于培养料中。
2、装瓶或装袋后未及时灭菌，培养基因酵母菌作用而发酵发臭，产生了大量的抑菌物质。
3、加入的白灰量大，碱值过高。
4、加入的松木锯木屑没有进行干晒处理，松油含量高或加入的松木锯木屑比例超过20%。
5、培养基中加入尿素等化学肥料，或加入了多菌灵等化学农药。
（三）菌种萌发但不向料中生长：
1、瓶内或袋内培养基发酵变质。
2、原料变质。防治措施，拌料前应严格选择原料，含有油脂、芳香味、乙醇等物质的松杉、柏、桉、香樟，速生杨树锯末不宜分解用作培养基。其它阔叶树种锯末应堆成大堆，让其自然发酵，待温度达到60～80℃，保持3～4天左右，锯末变成褐色，散堆降温，晒干备用。另外，使用新鲜的麦麸或稻糠，拌料时要加新鲜自来水、河水、井水。
3、装料过满，棉塞触料，袋内没有空间，防治措施：17×33㎝的袋，料装至17～18㎝处，料面离棉塞必须有3～5㎝的空间距离，这样利用袋内空气流通，保证菌丝生长对新鲜空气的需要。
4、灭菌不彻底。灭菌时间短，温度低，没达到杀死微生物的程度，致使一些嗜热型微生物生长繁殖，抑制菌丝的生长。
5、培养料碱值过高，拌料时严格掌握生石灰的使用量，防止碱值偏大抑制菌丝的生长。
6、培养基内氮源、维生素等营养物质偏低。培养基内由于麦麸、豆饼粉等比例偏低，造成氮源、维生素含量不够，满足不了菌丝生长的需要，致使培养基内营养物少菌丝难以吃料。
7、料中水份过大。
（四）菌丝吃料，但生长细弱无力：
1、含水量小。培养基的含水量在60%时，菌丝才能够分解吸收基质的营养，如果低于60%的含水量，菌丝生长细弱无力。
2、灭菌时间短。灭菌两个目的，第一是杀死培养基的全部杂菌，第二是增加基质腐熟程度，利用木耳菌丝迅速分解吸收营养。灭菌虽然杀死了杂菌。，如果腐熟程度达不到，前期菌丝细弱无力，但经过一段时间的培养，逐步会健壮起来的。
3、培养基碱值过高。碱值对抑制霉菌有积极作用，但碱值过大，黑木耳菌丝是难以适应的。拌料时要严格掌握生石灰的使用量，防止将白灰误认为石膏，碱值过大，使菌丝生长细弱，严重时菌丝不生长。
4、棉塞过紧。如棉塞浸水或过紧，不能完成透气的作用，使袋内氧气减少，CO2浓度增加，使菌丝细弱、稀疏。
5、培养基内氮源和维生素等营养物质偏低，培养基由于麦麸、豆饼粉等比例偏低，造成氮素维生素含量不够，满足不了菌丝生长对氮源的需要，菌丝自然稀疏无力，但也应注意，不要过多地加入氮源，防止菌丝徒长，不向生殖阶段转化。
6、个别菌株特性所致。经我们试验，黑木耳优良菌种黑木耳11号，无论在菌种制种过程中还是在菌袋培育过程中，初期菌丝生长均呈现细弱无力情况，但随着时间推迟，菌丝逐渐强壮起来。
（五、）长成的菌袋松散不紧密，软而易碎，含水量大形成豆渣状的“软袋”，这种“软袋”菌丝生长量很少，划口后迟迟不出耳或耳芽长不大，在菌袋上面和开孔很快出现霉菌侵染，发生霉腐，造成木耳不出。
这个原因主要是培养料灭菌不彻底所形成。在灭菌操作时，有的灭菌时间达不到要求，有的火力不旺，蒸气不足，有的装袋太满，袋与袋堆叠在一起，没有分层放置，这些均会直接影响蒸汽流通和将培养料袋完全蒸透，常造成袋料的中心部位的灭菌“空区”，使一些耐热性芽孢杆菌残存，当进入培养阶段，存活的细菌遇到合适的温度，在养分丰富的培养料中大量繁殖，培养料变成暗灰色，带有粘性，有污秽气味或酸臭味，影响木耳菌丝向料内延伸，只能在四周表层生长，形成“软袋”。
（六）、二茬污染杂菌（主要是绿霉）原因：
，在黑木耳头茬采收后还没等二茬耳长出来就污染了杂菌，造成二、三茬耳减收乃至绝收，降低了产量。这是因为：
1、上茬耳耳根没抠净。残留的耳根因伤口外露，直接产生杂菌。
2、采耳过晚。种植户看到又黑又大的子实体，越大越想大，结果子实体失去了弹性老化，体内营养外流，造成烂耳，烂耳部位的培养基随即便产生杂菌。
3、高温所致。高温直至菌体变软，吐黄水（这是菌丝体死亡的前兆），失去了抗杂能力，外界杂菌乘虚而入导致全部污染。
4、菌丝体断面没愈合。因子实体根部的培养基连根抠掉，造成了菌丝体产生了新的断面，马上浇水催耳，所以产生杂菌。
5、草帘子腐烂发霉。由于有的草帘过薄，甲基托布津消毒时间长（更有甚者，有的林场草帘子未经任何消毒处理），浇水过勤，造成出二茬耳时，草帘子草帘已发霉腐烂，草帘子本身已污染了杂菌，必然会使污染袋污染上杂菌（试验现场观察，用遮阳网覆盖，杂菌污染明显低于草帘）。
6、床面未清理。采完耳后的床面，常会散落些采耳时掉下的培养基、黑木耳子实体、草帘子掉下来的废弃物。如不清理，一遇潮湿和不见直射光线后，便成了各种霉菌的培养基，尔后蔓延到栽培袋上。
7、采完耳的栽培袋未经直射光干燥。刚采完耳的袋，采耳处伤口外露，且湿度大不通风，不见光易长杂菌。为此，采完耳后将袋直接放在直射光线下降湿杀菌，以抑制霉菌的生长，菌丝愈合恢复的快，才能抑制杂菌的侵入。
8、浇水过早过勤。二茬耳子实体还未形成和封住采耳处时，浇水过早过勤易产生杂菌。
（七）袋长好后摆于畦上时间稍长，在划口处及袋面现绿霉，造成黑木耳减产乃至绝收。
1、黑木耳菌种严重老化，致使菌丝活力弱，抗性差。
2、黑木耳发菌时间温度调控不当，常时间高温（28℃以上）菌丝内细胞质在高温高湿影响下膨大，涨破细胞壁，无色透明的细胞质营养液流出，受到周围环境因素的影响，转变为黄色，即表现为吐黄水，各种杂菌趁机污染。吐黄水是菌丝被黏液包围，生理活动受到限制，逐步走向死亡。
3、菌袋营养偏低。氮少碳多，营养不良，致使菌丝生长偏弱，没有抵抗力。突出表现在菌丝不够浓白，菌袋发软发散，摆袋划口后易出现绿霉侵染。
4、浇水早、浇水勤、 浇水多。在耳芽形成期，浇水过早、过勤、过多，木耳原基未封住划口，浇水流进或渗入划口内，造成污染。木耳原基分化期，刚形成的幼嫩子实体原基处于芽苞状态，环境温度高，湿度大，芽苞吸水过多细胞破裂，划口处菌丝体停止生长而退菌，形成的子实体原基失去菌丝营养而停止生长，造成霉菌污染或流耳。
5、床面未清理干净或场地靠近污染源。生产中有些使用原来的出耳场地，出耳床内散落采耳时掉下的培养基、子实体、草杆，甚至未及时处理的污染袋，废弃物等，这些物质便成了各种霉菌的培养基，有的耳床靠近污染源或使用污染的水，直接产生杂菌造成经济损失。
6、异常气候影响。一般情况下，菌丝体遇到高温、高湿，不通风等不良条件被杂菌侵染而死亡。在低温高湿，不通风的条件下，菌丝生长缓慢，且不利于原基分化，长时间这样维持，也极易造成污染。
7、菌种带杂或栽培袋灭菌不彻底，原种、栽培种在接种时污染杂菌，发菌期间检查出未作标记，通过拮抗作用，木耳菌菌丝将一些杂菌掩饰，满瓶或满袋时充作菌种，栽培袋接种后，杂菌很快适应便繁衍。如遇到栽培袋灭菌不彻底，将造成全袋迅速污染。
（八）子实体长得薄，耳片黄的原因：
1、黑木耳不同菌株习性所制。
2、培养基的原料选择和配比不合理。C∕N失调，营养不全面，菌丝弱。
3、培养基因含水量小，菌丝生理缺水。
4、出耳期温度高，超过25℃。
5、出耳期见光少。
（九）黑木耳烂耳原因：
黑木耳胶质状的营养液外流，肉质破坏，失去商品及食用价值，就是烂耳，也称流耳。造成烂耳的原因如下：
1、温度高 。黑木耳是中温型菌类，子实体生长温度高于25℃，子实体细胞分裂加快，组织疏松，干物质积累少，如果持续上升，细胞组织破裂，胶质外流，造成烂耳。
2、积水过多。黑木耳子实体的生长需要空气相对湿度80～90%，同时需要足够的氧气，如果湿度过大，造成积水，抑制子实体正常蒸腾作用，从而影响其新陈代谢活动，造成耳片腐烂。
3、出耳通风不良。草帘子过厚或通风管理不及时，使床内缺氧，子实体呼吸受阻，室息而腐烂，如果耳床不搭拱架，草帘子直接盖在栽培袋上，更加剧了这种程度。
4、采收不及时。子实体如采收不及时，孢子弹射尽，失去了胶质状子实体的弹性，使子实体老化而腐烂。
5、污染杂菌。污染杂菌是造成烂耳的直接原因。一般情况下菌丝体遇到高温、高湿、不通风等不良条件而死亡。杂菌即分解这些菌丝尸体，造成子实体腐烂。
6、虫害。环境不清洁，湿度过大等会滋生虫害噬食菌丝体或子实体而烂耳。
（十）青苔的防止
1、青苔的性质与危害：青苔属低级藻类植物，在水源充足、光照好、通风差、温度高的环境中生长，在黑木耳栽培中与木耳争夺养分，分泌粘稠物，使子实体无法生长。
2、生成原因：养菌期温度过高，菌丝体伤热后较弱，进入田间管理后，北方早春气温偏低，子实体生长缓慢，一些菌农管理经验不足，认为多浇水长得快，结果浇水过早过多，袋内积水，当天气进入6月份中旬，温度急剧升高，因袋内积水过多，袋内菌丝体在缺氧的情况下被浸死，强烈光照必生青苔，当然菌丝体强壮抗击青苔与杂菌的能力也强，受污染的机会要小的多。
3、防治措施：培育抗逆性强的菌丝体。养菌期温度不要过高，拌料时添加《多维营养源》可使菌丝体强壮。另外，在田间管理期，地面使用《青苔克》每瓶1比30或1比10喷洒一遍，可有效控制因外界因素造成的青苔生长。 （十一） 黑木耳 耳片不开，形成大疙瘩是怎么回事
2008年春季，许多黑木耳栽培户菌袋下地后，在划口处出现黑木耳原基，但迟迟不开片，形成较大的疙瘩，这是因为前期温度偏高，耳芽现的较快，但5月～6月份，我省遭遇了罕见的长期低温天气，耳农仍按历年的常规方法浇水管理，外界的温度又太低，满足不了黑木耳叶片开展所需的温度条件，而袋内的营养又缓慢输送，导致了耳片不伸展，形成了大疙瘩，这类现象尤其是朵生菊花状黑木耳品种较严重。