利用微生物大规模液体培养来生产各种真菌产品，在医药、化工、食品等工业中应用十分广泛，但在食用菌领域，利用液体培养来生产菌种，国内外虽已试验研究了20多年（我国20世纪70年代末已有人开始研究）甚至更长的时间，都仍然未能普遍应用，其中原因主要涉及以下几个方面：
1、不耐贮存，在用种季节常见的20℃左右的气温下，长则4～5天，短则2～3天，培养好的液体种如不及时使用，就会变质失效。
2、不耐运输，大容器长途装运液体菌种，中途乘车换船诸多不便，换成小包装，又增加了分装时污染和运输时破损的几率。
3、技术要求高，液体菌种操作技术十分严格，诸如放罐指标，杂菌污染等必须借助显微镜进行镜检，不熟练掌握微生物知识，一般菇农很难做到。
4、存在去双核化的危险，有文献报道，双核菌丝体在液体深层通气培养条件下，会发生所谓去双核化现象，即由双核菌丝体变为单核菌丝体，由于在食用菌中只有双核菌丝具有结实能力，因此去双核化现象若普遍发生，对菌种生产和栽培的影响可想而知。目前，人们对去双核化现象的研究还不够系统，不够深入，对其发生和危害程度看法也不一致，不过，由于这个问题事关重大，人们自然也就不敢掉以轻心。
近几年来，液体菌种广告宣传声势浩大，大有将固体菌种拉下马的趋势，甚至有些厂家在宣传中把影响我国食用菌产业的发展归罪于固体菌种。笔者认为，其中多数厂家纯属炒作行为，其目的是推销他们的发酵罐，谋取暴利。这对广大菇农是极不负责任的。广大菇农在选用液体菌种生产时一定要慎重。