菌种生产中心是从事食用菌、药用菌菌丝体纯培养的场所。为了提高菌种纯培养的成功率，降低污染率，必须从筹建菌种中心起就应注意其场地和建筑物的规划和布局的科学性。合理、科学地规划和布局能为繁殖高质量的菌种，创造良好的环境条件。对提高菌种的合格率，增加菌种生产中心的经济效益起很大的作用。
所谓菌种生产中心的规划是指筹建的规模大小、场所位置的确定，以及规模大小和制种要求相适应的投资设备、建筑物的要求标准等。所谓布局是指根据菌种中心场所生产菌种的种型所需要的生产工艺流程布局和与其相适应的厂房设备、配套设施等。
1、菌种中心规划的基本原则
①设备配套：根据公司发展食用菌、药用菌的种类、规模，确定菌种中心各部分的面积，并选择与生产量相应的不同规格型号的设备和数量；
②根据本公司的技术力量及设备条件及公司的迫切需求，应同时规划实验室及栽培实验室。
2、平面布局要求：所谓规划化菌种中心是严格地按微生物的传播规律，建立起来的菌种中心。它除了设备较齐全、人员素质较好外，布局上严格按有菌区和无菌区划分，无菌区又有高度无菌区和一般无菌区之分。
（1）所有建筑场所内均要求水泥地面，在同一水平面上，便于机械运输，不易沾染霉菌孢子，不易吸湿，保持壁上干燥且便于冲冼；
（2）使用双门灭菌锅，一门与有菌区（培养基制作室）相通，另一门与无菌区（冷却室）相通，注意双门不能同时开放；
（3）工作人员必须具有一定的微生物常识，经过严格的无菌操作训练，进入无菌区前须淋浴更衣；
（4）培养室有空调装置，保证高温季节能正常生长，培养室同时还要有通风、调湿、控光设施，为充分利用空间，培养室需搭架；
（5）冷却室、接种室要求作水磨石或油漆地面，四周墙壁和天花板油漆防潮，安装空气过滤装置，冷却室配备除湿和强制冷却装置，接种室配备分体式空调机；
（6）菌种灭菌后的运输工具一经运出接种室，必须灭菌或消毒后，方可进入无菌区使用。其它工具或用品也一样；
（7）冷却室、接种室、培养室均采用拉门结构，减少开关式门窗启动过程的空气流通；
（8）整个无菌区要求密闭性能好，并可进行小区域隔离消毒；
（9）保持冷却室、接种室的气压为正值，大约高出室外2.94×104～4.9×104帕，其中接种室气压又要大于冷却室，冷却室要大于缓冲室和培养室；
（10）原料仓库远离冷却室、接种室和培养室。原料，特别是粮食类原料是许多杂菌的主要菌源。原料仓库要通风良好，有防潮设施；
（11）栽培实验室与制种场应当分开，不能在同一处或相近的地方，否则栽培场杂菌易传入制种室。栽培实验室应有调温、控湿、通风、光照设施，要满足各类菌生长的需求；
（12）培养室制作室和其它仓库实验室为有菌区，冷却室、接种室和培养室为无菌区，其中冷却室、接种室为高度洁净的无菌区，要求空气净化程度达到100级；
（13）工艺要按培养基制作 - 灭菌 - 冷却 - 接种 - 培养的程序流水作业；
（14）筹建菌种中心时资金使用的重点应放在灭菌、冷却、接种三处的设备和室内标准化设置上；
（15）场地用水的水源要清洁卫生，符合饮用水标准；
（16）培养室、实验室、灭菌室、冷却室、接种室、栽培实验室等厂房要有防止昆虫和其它动物进入的设施；
（17）无菌区的窗户、天棚及进入室内的管道、风口、灯具与墙壁或天棚的连接部位应密封，空气洁净度级别不同的相邻房间之间的静压差应大于5帕，洁净室与室外大气的静压差应大于10帕，并应有批示压差的装置；
（18）不同空气洁净度级别的洁净室（区）之间的人员及物料出入应有防止交叉污染的措施；
（19）生产区和储存区应有与生产规模相适应的面积和空间，用以安置设备、物料，便于生产操作，存放物料、成品，应最大限度地减少差错和交叉污染；
（20）洁净室（区）内各种管道、灯具以及其它公用设施，在设计和安装时应考虑使用中避免出现不易清洁的部位；
（21）厂区的生产、行政、生活和辅助区的总体布局应合理，不得相互妨碍；
（22）在设计和建设厂房时，应考虑使用时便于进行清洁工作，洁净区（室）的内表面应平整光滑，无裂缝，接口严密，无颗粒物脱落，并能耐受清洗和消毒，墙壁与地面的交界外宜成弧形或采取其它措施，以减少灰尘积聚，和便于清洁。