发酵技术是平菇、双孢蘑菇、鸡腿菇等发酵料栽培的关键技术，主要原理是培养料通过采用物理调控，为自然存在的有益微生物创造一个良好的生态环境，满足其生长繁殖，经生化作用后积蓄了食用菌生产所需的营养物质。其作用还体现在：一是杀死病原菌、害虫以及各类害虫的卵、幼虫及成虫；二是促使嗜热性微生物大量繁殖，更加旺盛地分泌水解酶类；三是培养料在酶的作用下加速分解，形成腐殖质一类化合物供食用菌菌丝利用。
论坛对发酵料产生放线菌问题说法不一，嗜热放线菌利用培养料在发酵中残留的氨转化为氮源，加速基质降解，产生聚糖类物质、烟酸、B族维生素及氨基酸等以利食用菌菌丝吸收，可以说放线菌的产生是发酵料不可缺少的，但过度的发酵，放线菌产生过多肯定会对食用菌菌丝生长造成负面影响，营养的耗损也会导致产量的下降。
发酵技术源于有益的微生物群体活动的掌控上，发酵中原来不能共生的微生物，通过相互交换食饵和生成条件，达到共同生存、发展的目的。例如：光合细菌是厌氧菌，可将来自太阳热能作为能源，合成抗氧化物质、氨基酸、糖类等各种有利的物质；固氮菌是好气菌，可将大气中的氮变成食用菌能够吸收利用的物质，固氮菌以有机质为食饵，它的排泄物是光合细菌喜食的食饵，而光合细菌排泄物是固氮菌的食饵。这种食饵交换循环建立以后，一旦固氮菌过分繁殖则处于缺氧状态，通过光合菌的作用，就能够共存。总的来说，通过有益微生物群体活动，使培养料在发酵中增加抗氧化物质，集结能量抑制，消减有害的活性氧化成分，大大改善食用菌培养料的生态环境条件，促进食用菌菌丝的健康生长，从而达到提高食用菌产量和质量的目的。
发酵时培养料堆料不宜过高，堆料过高，则很容易因中部温度过高而造成营养损耗；同时由于过高的料堆也因物料的软化导致物料间空隙度缩小而减少供氧量，从而造成局部厌氧发酵； 打好料堆孔。打孔的目的首先是为了透气增氧，增加物料间有益微生物菌群繁殖所需的供氧量。参考文献略【作者myb转载请注明来源于易菇论坛】