特色鲜明的研究领域在广东省具有不可替代性
检测技术革新成食品生物安全的“利器”。食源性致病微生物是影响食品安全的重要因素，高效的现场快速检测及污染控制技术是解决这个重大问题的关键。广东省微生物所所长吴清平研究员作为广东乃至全国知名的食品安全专家，多年来一直致力于食品安全研究工作，他带领的团队通过对我国南方食源性致病微生物在大宗食品、水产品和水体的污染情况全面、系统的调查及相关基础研究,系统地建立起食品微生物安全菌种库（目前保藏有1083株菌），揭示了常见食源性致病微生物在我国南方的污染情况、分布规律、累积机制和风险水平，以及诺如病毒在海产食品中分子检测靶位点、消毒剂及防腐剂的消毒和防腐机理；建立起免疫吸附高效样品处理技术，发明致病菌分子检测与显色生化确证技术，诺如病毒和轮状病毒NASBA、RT-PCR技术，以及ATP生物发光微生物数量快速检测技术，提高检测灵敏度5~100倍，使检测时间从数天至数周缩短至几分钟至几小时；研制出高效环保、高浓度稳定性强的过氧乙酸消毒液，减少微生物耐药性和提高清洗消毒效率30%-50%；发明消毒剂洗涤剂浓度及水质快速检测试剂盒、袖珍式比色计，全面实现了食品生产加工过程中洗涤消毒的在线监测和控制。创新监控产品关键生化原料的生产技术并顺利实现了国产化生产,节省原材料成本50%以上；探索新的推广模式，通过技术和产品的标准化，积极为食品企业生产提供关键问题成套解决方案，以技术服务为载体，成功将项目研制的三大系列400多个品种的产品推广到包括港澳台在内的全国3000多家用户，并出口到东南亚国家。
广东省微生物所完成的“食品微生物安全快速检测与控制技术研究”2008年底通过省级鉴定，达到国际先进水平，2009年获得广东省科学技术奖一等奖及中国轻工业联合会科学技术奖一等奖。据不完全统计，近三年通过该成果的推广，为企业新增利润46748万元，新增税收39428万元,创汇283万美元，节约开支38524万元，显著提高了我国食品微生物安全技术水平。该成果在SARS疫情和禽流感暴发期间均得到广泛应用，广东省防治非典专家组成员郭俊研究员带领科技人员积极参与病原的分离、鉴定、检测和防控工作，为20多个省区提供了大量新型高效环保消毒剂，为控制SARS疫情和禽流感暴发流行作出了积极贡献。
生物修复技术为广东省“再造”蓝天碧水创造了条件。广东省微生物所在广东的环境治理方面走在前列，早在上世纪五六十年代，社会还未太多关注环境污染之时，我国著名的环保先驱简浩然就致力于广东的环保事业。生态环境安全和污染物治理已经成为一个重要的全球性问题，由广东省微生物所主持的环保科研项目获国家环保科技进步奖一等奖，是全国省属科研机构唯一获得该奖的单位。从当地水污染治理中的老大难问题入手，广东省微生物所形成了一整套高效经济地处理含氨和芳香烃类毒害性废水的微生物新技术。为解决同时含有高浓度氨氮和各种芳香族污染物的毒害性废水处理中的共性和关键性难点问题建立了可靠的技术途径。
改革开放之初具有丰富实践经验，年逾七旬的简浩然先生指导年轻科学家攻克油制气厂污水处理，近年以该所副所长孙国萍研究员为首的研究团队坚守环保第一线，先后在环境微生物资源及其分子生物学领域，油制气废水、垃圾渗滤液、印染废水等高浓度、难降解废水治理的研发，恶臭和有毒有害工业废气的治理，以及化学物质的环境生态安全评价方面取得了一系列的成果。广东省微生物所长期立足于广东省公益性环境保护与污染治理的难点问题，开展典型环境污染物的微生物资源与微生物降解机制的原创性基础理论研究、高新生物工程技术应用开发与生态安全评价及预警技术研究，逐渐形成了实验室基础研究和实际应用紧密结合的鲜明特点。为企业解决了多项环保难点问题和关键性共性问题，为广东省特别是珠三角地区的环境保护作出了积极的贡献。
在中科院与广东省新一轮科技合作中，广东省微生物所积极参与中科院佛山产业技术创新育成中心的建设，已建成的生态毒理与环境安全实验室成为中科院这个平台第一个为社会服务，产生社会效益和经济效益的实验室。2011年2月11日，全国人大常委会副委员长、时任中国科学院院长路甬祥视察该实验室时给予充分肯定：没想到这么快就投入使用，很务实、做得好！
5月19日，中共中央政治局委员、广东省委书记汪洋，广东省委副书记、省长黄华华在听取了该室负责人汇报后，关切地询问道：“什么时候可以拿到相关的国际资质？”临走时汪洋希望该室取得相关国际资质，打破国外的技术壁垒，为我国的化学品出口扫清道路。
