有人说，蘑菇具有酸甜苦辣咸之外的第六种味道——鲜味。因此，当它与别的食物一起混合烹饪时，是很好的“美味补给”。在国际烹饪大师屈浩和中国中医科学院西苑医院教授杨力看来，为发挥每种菌类的优势，不妨使用不同烹调方法。
香菇，味道重，比较适合烧、油焖，比如在热油里放入葱姜，翻炒3分钟左右，或者在清蒸鱼里面配香菇。草菇主要是爆炒，在爆炒过程中，维生素C等不容易被破坏，而且草菇吃着口感很好，适于做汤或素炒。金针菇味道鲜美，是拌凉菜和火锅配料的上选，但最好煮6分钟以上，否则容易中毒，脾胃虚寒者也不宜吃太多。口蘑味道较清淡，煲汤最好。味道甜的茶树菇、杏鲍菇、袖珍菇等最适合炒制。猴头菇宜用高温、旺火烧煮。但总的来说，菌类最好还是以清炒或清炖方法为主，才不失蘑菇的原汁原味。
与其他食材巧妙搭配，蘑菇还具有不同的疗效。杨力介绍说，香菇、金针菇、平菇可炖肉或炖鸡吃，能够益气补气，增加抵抗力；做松蘑、猴头菇时，不妨放一点肉烧汤喝，不仅味道鲜美，还能起到抗衰老，延年益寿的作用；金针菇炖鲫鱼可以健脑；竹荪具有防腐功效，炖肉时如果怕吃不完，可以放一点竹荪，放在冰箱里不会变坏。
此外，做菜时，尽可能把蘑菇切得小一点，因为它的纤维素不仅不好消化，而且还会影响消化液进入其它食物。但是蘑菇浸出物、游离氨基酸和芳香物质却能增进食欲，促使胃液分泌，从而有利于更好地吸收其它食物。
